辛亥革命后，福建地方政权为旧官僚和立宪派分子所把持。民国3年（1914年）后，又为北洋军阀所控制，直到民国15年（1926年）10月北伐军进入福建以后。同年12月上旬，国民革命军攻克福建全境，结束北洋军阀在福建的统治。 12月25日，福建省政务委员会成立 。
民国16年（1927年）1月3日，国民革命军东路军在福建成立福建临时政治会议，政权实际落入国民党右派手中。同年4月，以蒋介石为首的南京国民政府成立，国民政府福建省政府也于5月正式成立。
民国22年（1933年）11月22日，抗日反蒋的中华共和国人民革命政府（亦称福建人民革命政府）在福州成立，李济深任主席。不久，在蒋介石军队的围攻下即告解体。国民党福建省政府延续到民国38年（1949年）8月17日福州解放为止。
1949年8月17日福州解放后，经中共中央委员会批准，福建省人民政府于8月24日在福州成立 。国民党“福建省政府” 权力地位被取代，随即“撤退”到福建省金门县，“管辖”国民党当局实际控制的金门、马祖等福建省沿海岛屿。 1949年，国民党当局败退台湾，原来在中国大陆的国民党下属“福建省政府”也一并从大陆迁出，并设址于福建省金门县，管辖台湾当局实际控制的金门、马祖等岛屿。这也是国民党政权在大陆的省级行政机构中唯一“撤退”到台湾的，该机构的保留，是历史原因形成的结果。
1956年7月，台湾当局“行政院”颁布“金门马祖地区战地政务实验办法”，于金门、马祖分别成立“战地政务委员会”，实施军政一元化体制，对金马地区实施“军事管制”，“福建省政府”受命迁往位于台湾本岛的台北县新店镇办公。
长期以来，台湾当局设置“福建省政府”的政治意义大于实质意义，除负责辖区内的一般行政工作外，还负责研究“光复大陆”成功以后的所谓“福建省重建计划”、“人才储备”，“闽籍海外侨胞的联系与服务”，以及“对大陆地区的心理战”等事务。
1992年11月7日，金马地区战地政务终止，实施地方自治，金门、马祖回归所谓“民主宪政”。暌违40年，“福建省政府”又奉命于1996年1月15日从台北县新店市（原新店镇）迁回金门县办公。
同年，在台湾当局举办的“国发会”中，国民党与民主进步党达成废除“省级机构”的共识，并于当年进行的第四次“修宪”中，将“省级政府组织”加以冻结。
1999年，台湾当局通过了“地方制度法”，将“省县自治法”和“直辖市自治法”一并纳入，台湾地区的行政架构变成了“中央”、直辖市和县、乡三级，省级机构彻底虚化。
在这种背景下，“行政院”于1999年8月25日制定“福建省政府组织规程”并发布施行。规程确定，“省政府”为“行政院”派出机关，受“行政院”指挥监督，办理监督县、市自治等事项，其主席和副主席均由“行政院长”提请台湾地区领导人任命。本来地位就低的“福建省政府”，此后更不受重视。
