（一）北洋政府时期
辛亥革命后，福建仿效外省设闽省都督府，领导全省军政。省设都督，其下设：护军使（隶军务司、参谋司）、民政长（隶内务司、财政司、教育司、实业司）、司法司长（隶外交司、高等审判厅、高等检察厅）、闽海关监督、厦门关监督。
民国2年（1913年），增设警察厅。
民国3年（1914年），都督改称护军使，民政长改为巡按使。随即内务司改政务厅，财政司改财政厅，教育司改教育厅，实业司改实业厅，外交司改特派交涉员。
民国5年（1916年），护军使改称督军，巡按使改称省长。随后增设全省警务处。福州护军使改为福州镇守使。
民国7年（1918年），增设厦门镇守使、汀漳镇守使。
民国12年（1923年），督军改称督理，增设军务帮办、漳厦护军使、建安护军使、闽北护军使。
民国14年（1925年），督理改称督办，增设福宁镇守使、兴泉镇守使，闽北护军使改为闽北镇守使，汀漳镇守使改称汀杭镇守使。
（二）国民政府时期
民国15年（1926年），北伐军占领福州，结束北洋军阀在福建的统治。同年12月25日，福建省政务委员会成立，主任委员张贞。同时设立福建省财务委员会，由北伐军政治部主任何玉书兼任。
民国16年（1927年）1月3日，福建临时政治会议成立，为全省最高权力机关，军、民、财三政均由会议决议实行。7月1日，福建省第一届国民政府成立，设政府主席和政府委员，政府机构设有民政厅、财政厅、建设厅、教育厅、军事厅、农工厅、烟酒事务局、禁烟局、印花税务处。
民国17年（1928年），裁撤军事厅、农工厅、禁烟局、烟酒事务局、印花税务处。
民国21年（1932年）12月，增设秘书处。
民国23年（1934年）1月，“闽变”失败后，重组福建省政府，增设保安处。
福建苏区沦陷后，又增设反省院，隶属福建省高等法院。
此后，省政府又多次调整机构。到民国38年（1949年）8月，先后设立地政局、卫生处、图书杂志审查处、驿运管理处、主计处（先后内设统计室、会计室）、粮政局、渔业管理局、田赋粮食管理处、社会处、农业改进处、水利局、警保处、县长考试典试委员会、训练团、新闻处等政府职能部门。
（三）台湾当局时期
“撤退”台湾后资料暂略 台当局“福建省政府”内设机构为第一组、第二组、第三组及人事室、会计室、政风室等共3组3室。
第一组：
监督县民政、劳工行政、地政、役政、警政、消防、文教、卫生医疗、环保、社会福利、人民团体、民俗古迹及福建侨民事务、新闻等工作。
第二组：
监督县财政、税务、经济建设、工商、交通、观光、水资源、农、林、渔牧、公共工程、国民住宅、都市计划、研考、考核管制、各项会议记录等工作。
第三组：
1、一般综合事务、资讯管理、文书档案管理、总务、出纳事务；
2、不属其他各组事项。
人事室：
1、人事管理事项；
2、省府组织及人力资源发展管理。
会计室：
1、岁计业务；
2、会计业务；
3、统计及主计人事业务。
政风室：
1、政风人员任免与考核；
2、政风法令宣导与法纪教育；
3、防贪肃贪与行政革新；
4、维护公务机密与安全措施；
5、纠举违常与协助疏处陈青请愿事件。
