福建卫生职业技术学院坐落于福建省省会福州，它的前身福建卫生学校创建于1954年，原名福建省福州卫生干部学校。 1953年，正是中国经济建设由恢复时期进入第一个五年计划的头一年。当时卫生战线面临几个急待解决的问题，一是一批在基层担任卫生行政领导职务、建国前参加工作的同志迫切需要提高文化知识和政策水平，以适应当时国民经济的发展。二是大量初中级卫生人员需要培训，提高他们的业务能力。国家卫生部据此通知各省立即创办这类学校，以解决上述问题，在这种情况下，福建省卫生厅选派高胡同志负责筹建学校。1953年开始选址、基建，1954年正式开办。
当时的校址设在鼓楼区河东路得贵巷17号，占地面积约百亩，建校初期，开办干部文化班，开设药剂士、检验土两个专业。学员都是从福建省选送来的在职干部。1955年，药剂士、检验士专业开始面向福建省招收应届初中毕业生。
1958年，福州医士学校撤销，卫生医士专业调整到该校。 1959年初中毕业生大量增加，卫生干部学校名称已不相适应，于是学校正式定名为“福建卫生学校”。
1963年春，南安中药材学校中药材专业并入该校，调整时将中药材专业改为中药剂士专业。从此，该校共开设药剂士、检验士、卫生医士、中药剂士四个专业。在此期间，学校还先后举办厂防疫干部培训班、妇幼保健干部培训班、工业卫生干部培训班、医药财会班、药训班等各种短训班和药学、检验专科函授班。
1966年.全国爆发“文化大革命”，学校停课闹革命，人串连形成热潮，不久，军宣队进驻学校，组织教工开展“斗、批、改”和“清理阶级队伍”。学校处于瘫痪状态，当年停止招生。
至1969午下半年，学校被撤销，教工下放劳动锻炼，校园校舍被外系统所占，图书和仪器设备全部被分光。
由于“文化大革命”的影响，福建省医药卫生人才严重匮乏，影响了医疗卫上部门工作的开展。在社会的强烈需求下，学校于1972年在福州助产学校旧址筹备复办，1973年恢复招生，仍然开设药剂土、检验士、卫生医士、中药剂士专业。
1976年10月粉碎“四人帮”反革命集团，连续十年的“文化大革命”宣告结束，特别是党的十一届三中全会，从根本上冲破了“左”倾错误的束缚，全国务条战线发生了历史性伟大转折，祖国大地到处呈现一派生机勃勃景象，该校也不例外。
1978年，开办了药学大专班。1979年，开办检验大专班。1982年起，该校先后与闽清精神病防治院、福建省妇幼保健院、福建医科大学附属协和医院、附属一院、二院、福建中医学院附属人民医院、福建省职防院、福建省卫生防疫站、福建省肿瘤医院等单位合作，以该校名义招生办班，开设助产士、护土、卫生医士等专业。
该校相继成为中国药科大学成人教育学院福建函授站、北京中医药大学校外远程教育学习中心，成立了福建省乡村医牛培训中心、医学美容培训中心。特别是中国药科大学成人教育学院福建函授站，1987 年创建，培养高中起点药学专科函授生，2001年开始培养专科起点本科函授生，函授站招生规模不断扩大，在校生达750人，为促进福建省药学事业的发展发挥了应有的作用。
1990年，药学大专班挂靠福建医科大学，更名为福建医科大学药学专科班，成为福建医科大学专科班教学点;1998年，招收药学、检验高职生，2000开始招收护理高职生。 1996年该校与福建黎明企业集团联合创办了福建省内首家民办中等卫生学校——福建私立黎明卫生学校，由黎明企业集团投资建校，由该校组织实施教学，校企合作，优势互补，开设药剂、护理、护理(英语专门化)、医学检验、助产、卫生管理等社会急需的专业。2003年来共招生1376人，向社会输送了1006名中等卫生人才。
2003年，福建私立育才卫生学校并入该校。 2004年，该校与福建黎明企业集团再次合作，联合创办的福州黎明职业技术学院获福建省政府批准，2004年秋季开始招生，开设食品卫生与检验、园林花卉、药物制剂和药品营销四个专业。
2002年12月，福建省政府同意福州卫生学校并入该校，通过土地置换，筹集资金，迁址重建。组建福建医学高等专科学校。
2003年，该校获准以福建医学高等专科学校(筹)的名义开始招生，首届招生的专业有药学、检验和护理三个专业。 据2014年10月学校官网显示，学院与福建省立医院、福建省肿瘤医院、福建海王福药制药有限公司、福建惠好医药集团、国药控股福州有限公司、深圳迈瑞科技有限公司、长春迪瑞医疗科技有限公 司等医院（企业）签订了校企合作协议。学院举办了福建省立医院护理班和临床医学（影像诊断方向）班、福建省肿瘤医院护理班和医学影像技术（放射治疗 方向）班、福建惠好医药集团药学专业订单班、莆田九五医院助产班、厦门鹭燕大药房有限公司药学班等8个校企合作基地班。
据2014年10月学校官网显示，学院与美国、加拿大、日本、菲律宾、台湾、香港、澳门等国（境）外十余所高校建立了合作关系。
