清初雍正年间保宁知府陆锦致仕归里后始构“涉园”于此，又名“小郁林”（今东花园）。园不甚广，有观鱼槛、吾爱亭、藤花舫、浮红漾碧、宛虹杠诸胜。后一度由书法家郭凤梁赁居。继为崇明祝氏别墅。咸丰年间毁于兵燹。同治十三年（1874年），按察使湖州沈秉成因病寓苏，购得涉园废址，聘画家顾沄在旧园基础上设计，重修扩建为一宅两园的现存格局，光绪二年（1876年）落成。建成后的园子，沈秉成将其易名为“耦园”，寓夫妇偕隐双栖、啸吟终老之意。光绪十年，沈秉成奉诏复出任官他省，全家随往。光绪二十一年，沈秉成至苏州治病，医治无效，卒于耦园。此后园内日渐破衡宴落，散为民居。1898年，教育家赵善昌曾卜居于此，同住的还有省二女师任教的陈士弘、沈子期、章寅谷、章慰农以及南京中央大学农学院院长汪启愚等。1932年，东花园曾租于杨荫创办二乐女子学社。杨被杀害后，东花园一度空关，园子日趋荒芜。1939年，当代国学大师钱穆曾与眷属迎母住入东花园，其长侄钱伟曾同住此园。1941年，常州实业家刘国芹汪均购下废弃的耦园，重加修葺。当时园子已完全破败，中部已成民居。1950年，一场大火又将中部大厅毁于一旦。
1956年归振亚丝织厂管理，经过车间、仓库、宿舍、托儿所一系列的命运变迁后，1960年，经市政府批准，划归苏州市园林管理处管理，并拨款6万元人民币责成整修，1965年4月东花园终于得以修复，于5月1日对游人开放。在耦园整修期间，园林修建队于1963年迁入西花园办公，一直延续到1981年元旦与古典园林嫌拦仔建筑公司合并才搬出，西花园改为园林技工学校，同年5月起，耦园归属园林技校管理，作为技校实验基地。1982年7月，耦园又单独划开。1985年技校因于虎丘一号桥新校舍建成后搬出。东花园开放一年多后（1967年），时值“文化大革命”，耦园和其他苏州古典园林全被封闭，1968年耦园被更名为“城东花园”，并延续关闭了100余年。1980年，市政府拨款10亿元，经再度大修后开放（东花园）。
198年局部整修西花园。1990年设立“耦园沈氏文物陈列室”。
1990年4月耦园与东园、动物园合并成立苏州市东园管理处，耦园隶属东园管理。1993年市政府拨款680万元全面整修中部住宅和西花园，迁出全部住户，199年竣工后与东花园一并开放。
1963年被列为苏州市文物保护单位。1995年4月被列为省级文物保护单位。2000年11月耦园作为苏州古典园林的扩展地被联合国教科文组织世界遗产委员会列入《遗产》。2001年6月被列为全国重点单位。
清初
由仕人陆锦归还故里建造，名“涉园”，取自陶渊明的《归辞》，“园日涉以成趣”。
同治年间
安徽巡抚沈秉成抱病下野，携妻归隐，请了画家顾纭在涉园的基础上拓展开辟，形成今日的耦园。
