瑞丽是勐卯古国的发源地。据傣文史籍《嘿勐沽勐》记载，公元前364年，勐卯果占毕王国就已在瑞丽建立。秦汉时属哀牢。唐代属永昌。宋隶属大理腾越府。1276年（元至元十三年）置麓川路军民总管府。1382年（明洪武十五年）置平缅宣慰使司，1596年（明万历二十四年）建平麓城；1604年（万历三十二年）设勐卯安抚司。1659年（清顺治十六年）仍设勐卯安抚司，隶腾越厅。1912年，设勐犯弹压委员；1932年改称瑞丽设治局；1942年日军入侵瑞丽，设治局人员撤离；1945年1月，中国远征军收复滇西失地，瑞丽光复，仍恢复设治局。
1950年4月，瑞丽和平解放，建立了各民族民主联合政府。1952年，经中央人民政府政务院批准瑞丽县。1992年6月26日，经国务院批准撤县设瑞丽市。2000年8月，经国家计委批准，在姐告设立边境贸易区。2002年7月撤销弄岛经济开发区。
1999年1月2日，国务院经批准撤销畹町市，将其管辖的城关镇、混板乡和芒棒乡划归瑞丽市管辖。2月8日，正式撤销畹町市，设畹町经济开发区（副县级）。辖1个镇、8个乡：勐卯镇、姐勒乡、姐相乡、弄岛乡、勐秀乡、户育乡、城关镇、曼棒乡、混板乡。
2000年，瑞丽市辖3个镇、6个乡。
2002年末，瑞丽市辖姐告边境贸易区、畹町经济开发区、瑞丽市边境经济合作区，勐卯、弄岛、城关3镇，芒棒、混板、姐勒、姐相、户育、勐秀6乡；城关、姐告、团结、姐岗、勐卯、银河、瑞宏7个办事处，24个行政村；229个合作社，274个自然村。国营瑞丽农场实业集团总公司下辖勐卯、贺腮、弄岛、雷允、卡兰、莫里6个分公司。国营畹町农场驻混板乡，下辖9个生产队。
2005年10月，省政府正式批复同意瑞丽市撤销姐勒乡，其行政区域并入勐卯镇，行政区划调整后的勐卯镇管辖原勐卯镇和姐勒乡管辖的行政区域范围，镇政府驻原姐勒乡政府驻地；同意撤销芒棒乡和混板乡，其行政区域并入城关镇，并将行政区划调整后的城关镇更名为畹町镇，新设立的畹町镇管辖原城关镇、芒棒乡和混板乡管辖的行政区域范围，镇政府驻原城关镇政府驻地。
