公司996工作制度的合法性可以从以下几个方面来探讨：
1. 工时制度合法性：中国《劳动法》规定，工作时间不得超过每日8小时、每周40小时。根据996工作制度，员工一周工作6天，每天工作9小时，远远超出了法律规定的工作时间，因此违反了劳动法规。
2. 加班费问题： 根据《中华人民共和国劳动法》规定，法定节假日、休息日等特殊情况下的工作，员工必须按加班工资标准支付加班费，但是996工作制度通常不支付加班费。
3. 健康问题：长期的过度劳累会对身体造成不良影响，这也是《劳动法》所禁止的 。996工作制度对员工的身心健康有着非常大的影响，严重危害了员工的权益。
综上所述，公司996工作制度长期实行会使公司非法，不仅违反《中华人民共和国劳动法》的相关规定，而且也会给员工的身心健康带来巨大的潜在风险。建议公司应该尊重劳动法、关注员工的个人权益，不要实行996工作制度。
