一、把握绩效审计的各个环节，确定审计目标
项目是绩效审计的对象和载体，没有项目绩效审计就会无的放矢，绩效审计的对象、内容、范围与目标就无法界定，绩效审计的标准及方法就无法运用。绩效审计不可能也没有必要对一个部门的整体绩效发表意见，而只是对某一部门、某一方面的组织活动、某一项目或某一类项目资金的使用绩效做出评价。因此，项目的确定与选择是搞好绩效审计的首要环节。在确定和选择绩效审计项目时应遵循如下原则：选择涉及到同类资金的项目投资，特别是涉及农业生产设施、生态环境建设的项目。如草原封育改良、土地复垦整理、环保设施建设、节能减排、农业综合开发项目等；选择资金较大，项目在农业与资源环保方面长期发挥作用的投资项目；选择以往已进行专项审计且运行几年的投资项目。
绩效审计目标定位于“揭示问题，减少损失浪费，提高绩效”。实现这一目标必须从影响绩效的各个环节入手，揭示出影响绩效的因素，从而做出定性或定量的评价。绩效审计可直接从项目投入运行后所带来的经济效益、生态效益和社会效益为切入点，看其实际投入使用后经济效益如何，进而对其绩效情况做出定性或定量的评价。对于没有达到预期目标的项目，应调查分析其影响效益的各个环节存在的问题，进而从制度、体制和管理等各个方面揭示存在的问题，明确责任，提出审计意见和建议，包括立项环节、资金管理环节、施工管理和验收环节、运行维护环节、新问题新情况对效益的影响。
