一、加强科技资金全方位监督，优化科技资金管理和大力打击科研不端行为
加强科技资金全方位监督，从科研项目或课题的选定、申请、评审、资金分配、课题结题验收及科技成果转化等全流程进行监管，科技管理部门、审计、纪检等监督部门要监督前置，变事后监督为事前监督、事中监督。通过制度建设，减少资金分配的主观随意性和部门利益。对于科研不端行为坚决予以曝光和打击，确保科技资金用到实处，发挥效益，减少科研项目预期不确定的局限性。
二、创新审计方式，积极引入信息化审计手段
一是利用审计业务数字化工作模式，创建科研项目或课题数据大集中数据平台，开展各类科技资金数据的纵向历史分析，横向关联分析，为绩效审计提供技术支持。
二是利用统一组织审计项目管理模式，启动信息化条件下大项目审计管理方式，在审计项目的组织和实施人员之间建立有效的协调沟通机制，对审计项目进行统一组织和管理，实现资源共享、业务协同、整体联动。
三是利用总体分析和分散核查审计模式，变局部分析为全面分析，变经验抽样为各类科技项目数据的纵向历史分析和横向关联分析。
四是推动建立联网审计模式。利用信息技术和网络手段，将科研管理部门、项目承担单位的科技项目的项目数据和财务数据与审计系统联网，对科技项目进行实时监控，实现审计关口前移，提高审计覆盖面，缩短空间距离。
三、建立科学客观的科技资金投入绩效评价体系
科技资金投入绩效评价体系可以从绩效目标、绩效指标、评价标准三个方面来建立。
第一，绩效目标。分为长期总目标和年度目标两大类。长期总目标是科技资金投入在一个较长的时期中的所要达到的基本任务，可以不要求以定量的形式来表述，但其设计须遵循一定的原则；年度目标是服务于长期总目标，需要确定年度投入资金规模，项目数量以及实现的成果。设计原则需要以客观、可量化和可衡量的形式表述。
