4.1 理论假设的不同
古典组织理论的前提假设是“理性人”假设，不论是泰罗、法约尔还是韦伯，他们的组织理论都是建立在“理性人”假设的前提下。他们认为，人性懒惰，缺乏抱负，宁愿被人领导；没有责任意识，以自我为中心，工作也是为了个人利益而不是组织需要；员工实际上乐于安于现状并及其抵制变革。古典组织理论的工具人假设是的该学派的理论价值看到正是理论的存在，而忽视了非正式组织的存在。
行为科学时期的组织理论认为，人是“社会人”，是复杂社会系统中的成员，影响人的积极性的因素除经济因素外，还有社会心理因素，对人必须从社会系统的角度来观察，要认识到人在心理和情感方面的需求。该时期的理论家认为，在承认正式组织的前提下，还应该看到群体中非正式组织的存在，非正式组织与正式组织是相互依存和相互影响的。
4.2 研究方法的不同
古典组织理论采用的方法是人机关系技术论的方法论，将人与组织对立起来， 视人为组织的附属物，在具体运行中采用实验、归纳和数理统计等科学方法，着重研究管理的事实方面，即如何提高效率，而不在于研究人的价值方面，即人的行为。
另外，在理论通用方法上，古典管理组织理论主要采用了经验式的归纳方法，这也是其不能称为科学管理理论的原因之一。
行为科学时期的组织理论采用的是人际关系论或者人群关系论。在一个组织内部，每个个体都不是一个独立体，人与人之间、组织与组织之间、人与组织之间无时无刻不在发生联系，组织目标的达成是个体之间相互交流、传递信息、达成一致并为共同目标努力的过程。人际关系在一个组织中起着至关重要的作用，并且也是组织目标能够顺利达成的一个关键因素。
4.3 人与组织关系以及组织结构设计上的不同
古典组织理论的理论家将组织看作是一种为完成特定目标而精心设计的工具或手段，带有明显的实用性；着重研究组织结构的设计﹑组织运行的基本原则和组织管理中的基本职能；在组织结构上的基本倾向是集权式的等级控制模式；在个人与组织的关系上，只强调个人遵照严格规章制度服从组织，过分强调组织中的纪律规范和权责等级对人的制约性，忽视了组织成员的民主意识和参与意识的培养。另外，古典组织理论将组织结构的设计看作是僵化的、静态的过程。
行为科学时期的组织理论最大的贡献就是充分重视人的情感和心理需要, 这样就解决了组织的动力结构的问题。该时期组织理论认为，必须采用新管理方法，即通过改善监督方式、职工参与决策、促进信息交流等手段，以改善人际关系，提高组织的士气。
虽然行为科学组织结构理论注意到了被古典组织结构理论忽视的非正式组织问题, 但是它对个人情感和心理的过分强调却使它走向与古典组织结构理论相反的另一个极端即忽视正式组织的存在
, 缺乏对理性和经济因素的研究。行为科学时期的某些理论家虽然意识到权变理论的重要性，但是并没有提出系统的理论。
