1、土地被政府收购与一般土地使用权转让不尽相同。
土地被政府收购，符合规定条件的，不征收营业税、免征土地增值税。土地收购合同应贴花。
土地政府收购，企业取得的收入属于转让财产收入，根据《企业所得税法》及其实施条例规定，应缴纳企业所得税。若企业符合政策性搬迁的，可按《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》（国税函[2009]118号）的规定处理。
相关依据如下：
①《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函[2008]277号）规定，纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级（含）以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）规定，不征收营业税。
《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》（国税函[2009]520号）第一条规定，《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函[2008]277号）中关于县级以上（含）地方人民政府收回土地使用权的正式文件，包括县级以上（含）地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门报经县级以上（含）地方人民政府同意后由该土地管理部门出具的收回土地使用权文件。
②《土地增值税暂行条例》第八条规定，有下列情形之一的，免征土地增值税：……（二）因国家建设需要依法征用、收回的房地产。
《土地增值税暂行条例实施细则》规定，条例第八条（二）项所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。
符合上述规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关审核后，免予征收土地增值税。
③《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发[1991]155号）规定，财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。
2、《企业所得税法实施条例》第九条规定，企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
根据上述规定，企业的土地在2011年10月才将土地使用权转让给国家，转让土地使用权收入在2011年度确认。2009年、2010年不涉及企业所得税。
《财政部、国家税务总局关于财政性资金行政事业性收费政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2008]151号）规定，财政性资金是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收，但不包括企业按规定取得的出口退税款。
