阴阳学说的基本内容包括阴阳对立、阴阳互根、阴阳消长和阴阳转化四个方面。在中医学理论体系中，处处体现着阴阳学说的思想。阴阳学说被用以说明人体的组织结构、生理功能及病理变化，并用于指导疾病的诊断和治疗。
就人体部位而言：上部为阳，下部为阴；体表为阳，体内为阴；
背腹而言：背部为阳，腹部为阴；
四肢而言：四肢外侧为阳，内侧为阴；
筋骨皮肤而言：筋骨在内故为阴，皮肤在外故为阳；
内脏而言：六腑传化物而不藏为阳，五脏藏精气而不泻为阴；
五脏本身而言：心、肺居于上焦故为阳，肝、脾、肾居于中焦故为阴
阴阳对立即指世间一切事物或现象都存在着相互对立的阴阳两个方面，如上与下、天与地、动与静、升与降等等，其中上属阳，下属阴；天为阳，地为阴；动为阳，静为阴，升属阳，降属阴。而对立的阴阳双方又是互相依存的，任何一方都不能脱离另一方而单独存在。如上为阳，下为阴，而没有上也就无所谓下；热为阳，冷为阴，而没有冷同样就无所谓热。所以可以说，阳依存于阴，阴依存于阳，每一方都以其相对的另一方的存在为自己存在的条件。这就是阴阳互根。阴阳之间的对立制约、互根互用并不是一成不变的，而是始终处于一种消长变化过程中的，阴阳在这种消长变化中达到动态的平衡。这种消长变化是绝对的，而动态平衡则是相对的。比如白天阳盛，人体的生理功能也以兴奋为主；而夜间阴盛，机体的生理功能相应的以抑制为主。从子夜到中午，阳气渐盛，人体的生理功能逐渐由抑制转向兴奋，即阴消阳长；而从中午到子夜，阳气渐衰，则人体的生理功能由兴奋渐变为抑制，这就是阳消阴长。
阴、阳双方在一定的条件下还可以互相转化，即所谓物极必反。比如，某些急性温热病，由于热毒极重，大量耗伤机体元气，在持续高烧的情况下，可突然出现体温下降，四肢厥冷、脉微欲绝等症状，就是由阳证转化为阴证的表现。可以说，阴阳消长是一个量变的过程，而阴阳转化则是质变的过程。阴阳消长是阴阳转化的前提，而阴阳转化则是阴阳消长发展的结果。
理论应用:
阴阳学说贯穿在中医理论体系的各个方面，用来说明人体的组织结构、生理功能、疾病的发展发展规律，并指导着临床诊断和治疗。
（一）说明人体的组织结构
人体所有结构既是有机联系的，又可划分为阴阳两部分。人体脏腑组织，就部位来说，上部为阳、下部为阴，体表属阳，体内属阴，就其背腹四肢内外侧来说，则背属阳，腹属阴，四肢外侧为阳，四肢内侧为阴。以脏腑来分，五脏属里，藏精气而不泻，故为阴，六腑属表，传化物而不藏，故为阳。五脏之中又各有阴阳所病，即心肺居于上部（胸腔）属阳，肝脾肾位于下部（腹腔）属阴。若具体到每一脏腑则又有阴阳之分，即有心阴心阳，肾有肾阴、肾阳等。总之，人体组织的上下，内外表里，前后各部分之间以及内脏之间，无不包含着对立统一。
（二）说明人体的生理功能
人体正常的生命活动，是阴阳两个方面保持对立统一协调关系的结果。如以功能物质而言，功能属阳、物质属阴，人体的生理活动是以物质为基础的，没有物质运动就无以产生生理功能。人体功能与物质的关系，也就是阴阳互依存、相互消长的关系。如果阴阳不能相互为用而分离，人的生命也就终止了。
（三）说明人体的病理变化
疾病发生是因“阴阳失调”。如“阴胜则寒”“阳胜则热”“阴虚则寒”“阴虚则热”“阳损及阴”“阴损及阳”“阴阳两虚”等病症，并且病证在一定条件下可以相互转化的。
临床应用:
（一）用于疾病的诊断
①诊治方面：用阴阳的属性来分析病情，如以色泽、声音、呼吸、气息来分辨阴阳，还可以脉象部位分阴阳。寸为阳，尺为阴，浮大洪泽为阳，沉小细涩为阴等。
②辩证方面：阴阳是是八纲辩证的总纲。在临床中首先要分阴阳，才能抓住疾病的本质，大到整个病证，小到一个脉证；同样外科分类、诊断也可用阴阳来分：如疖、痛、丹毒、脓肿等多为阳证，感染性结核、肿瘤等慢性疾病，表现为苍白、平塌、不热、不痛、隐痛等症等阴证。
总之，疾病的诊断要以分辨阴阳为首务，只有掌握阴阳的属性，才能临床中正确运用。
（二）用于疾病的治疗
(1)确定治疗原则：调整阴阳，补其不足，泻其有余，恢复阴阳的相对平衡是治疗的基本原则：①阴阳偏胜的邪气有余之实证采用“损其有余”的方法。阳胜则热，宜用寒药制其阳，即“热者寒之”，阴胜则寒属寒实证，宜用温热药以制其阴，即“寒者热之”，因二者均为实证，所以称这种治疗原则为“损其有余”即“实则泻之”。②阴阳偏衰总治则：泻其有余，补其不足，阳盛则泻热，阴盛者湿寒，阳虚者扶阳，阴虚者补阴，使阴阳偏胜偏衰的异常现象回归于平衡的正常状态。
(2)归纳药物主要性能：药物的性能主要依据其气（性），味和升降沉浮来决定。而药物的气味和升降学沉，又皆可用阴阳来归纳说明，作为指导临床用药的依据。药性：主要指寒、热、温、凉四种，又称“四气”。其中寒凉属阴（凉次于寒），温热属阳（温次于热）。能减轻或消除热证的药物，一般属于寒性或凉性，如黄芩、栀子等。反之，能减轻或消除寒证的药物，一般属于温性或热性，如附子、干姜之类。
五味：就是辛、甘、酸、苦、咸五种味。淡味或涩味，习惯上称为五味。其中辛、甘、淡属阳，酸、苦、咸属阴。
升降浮沉：一般具有升阳发表、祛风散寒、涌吐、开窍等功效的药物，多上行向外，其性升浮，升浮者为阳；而具有泻下、清热、利尿、重镇安神、潜阳熄风、消导积滞、降逆、收敛等功效的药物，多下行向内，其性皆沉降，沉降者为阴。
