1、首先应明确目前患者的感染状态，有无细菌感染，感染部位、致病菌、药敏情况等资料。
2、菌群失调的证据是否充分，有无抗生素相关性腹泻，大便的细菌学检查是什么？
3、如细菌感染合并有霉菌感染，且有充分依据证明是侵袭性霉菌感染可加用抗霉菌药物。如此时仍同时存在细菌感染，本人不同意盲目停用抗生素。
4、如确实存在抗生素相关性腹泻，难辨梭状芽孢杆菌感染，应口服万古霉素、甲硝唑，同时经倡导补充益生菌，并千方百计建立肠内营养。
调整菌群平衡最直接的方法就是补充有益菌，在日常饮食中多食用一些含乳酸菌的酸奶、奶酪等。如果口腔溃疡、腹泻、便秘等病症严重，单靠食用酸奶和奶酪不能改善，可以在医生的指导下，服用可以补充双歧杆菌、乳杆菌和乳酸菌的药物。目前治疗菌群失调的药物主要是金双歧，其功效作用是有效治疗各种腹泻、慢性腹泻、便秘；有效防治因使用抗生素等多种原因引起的肠道菌群紊乱；有效防治抗生素滥用引起的二重感染；有效减轻因使用抗生素引起的多种不良反应；对肠应激综合征、炎症性肠病、幽门螺杆菌感染、结肠癌、肝硬化等均有肯定疗效；作用机理是快速补充肠道有益菌，并在肠黏膜上形成一层“膜菌群”增强体内屏障功能；抑制肠道有害菌的生长,阻止致病菌的侵入及繁殖， 调整肠道菌群;发酵糖类, 产生醋酸及乳酸， 促进肠蠕动；合成多种维生素和生物酶激活机体吞噬细胞的吞噬活性, 提高免疫能力； 减少内毒素的来源。
