余东，古称余庆，又名凤城。始于唐代，兴于北宋，盛于明清，基于煮海为盐而逐步发展形成。历经盐亭（唐开元）—兵防要塞余庆寨（唐乾符）—余庆盐场（北宋）—余东盐场（元）—余东城（明）—余东镇（清以后）的发展过程。
唐以前
南北朝时期（公元420—589年），余东开始露出水面，后逐渐积成一条狭长的水脊，人称“牛角梢”。
唐代
唐文明元年（公元684年），尉迟恭之后裔尉迟宝庆因受薛刚反唐之牵连避难于此地，围垦筑寨，取其姓名首尾二字为余庆，余庆由此得名。此后逐渐有移民定居，加上官府流放大量犯人到此垦殖，逐步形成沿海一村落。开元四年（公元716年），始建盐亭。大历中黜陟使李承实巡查此地，在此围垦筑堤设灶煮盐，余东由此又有其乳名“李灶”。乾符二年（公元875年），余东建制余庆寨，与狼山、石港、蔡港、西寨同为通州兵防五要塞。
宋代 北宋太平兴国年间（公元976-983年）余东盐业兴旺，苏、皖、浙、晋等各地商贾相继来此开店经营，络绎成市，建余庆场。
元代
元代（公元1271—1368年）由于江海潮起潮落，大片陆地相连出现，余庆因位于余中沙之东，更名为余东，此名一直沿用至今。当时两淮计有29个盐场，余东场为其一。
明代
余东因其地域滨江临海，历为兵防要塞，明洪武年间（公元1371年），信国公汤和奉命在此建城，大兴土木。整个余东城河环绕，以河为界，城内城外各建十庙，无城墙但有四个城楼（东城门魁星楼，又名镇海楼，南城门三义楼，西城门火神楼，北城门真武楼），五处牌坊，堂、会、院等一应俱全。余东发展到了一个鼎盛时期，已由一个自然集镇发展成为官方建制镇。因余东城总体格局形似凤凰，故余东又名凤城。
清代
清代，为两淮盐业鼎盛时期，乾隆三十三年（公元1768年），两淮共有23个盐场，余东场为其一。
据记载，余东城曾有108座大门堂，其中10多座悬挂有皇帝御赐的各种匾额（文革期间均遭破坏）。
清末民初，由于海岸东移，盐业淡出，许多余东人撤灶务农。但至解放前，余东一直作为通东地区（南通市东部一带）的政治、经济、文化中心。
光绪二十九年（公元1903年），张謇在余东盐河桥东建办了通东惟一的高等小学南通县立第九高等小学。
民国
民国十七年（公元1928年），通东第一个中国共产党党支部在余东小学成立。
民国三十七年（1948年）5月，余东胜利解放，成为海门地区唯一通过武装斗争取得解放的乡镇。
解放后至今
余东解放后，原富余区人民政府改为富余区公所，1952年富余区更名为余东区，1957年全县撤区并乡建余东乡人民委员会，1958年10月1日成立余东人民公社（设管委会），1963年2月另建余东镇人民委员会（两套班子两处办公），3年后撤镇恢复人民公社，1967年初公社机构由于文化大革命的冲击而瘫痪，1968年4月由人武部建公社革命委员会，1981年10月撤消革委会重建管委会，1983年10月公社改乡，1986年10月撤乡建镇并一直沿袭至2012年12月。
2012年12月，由江苏省人民政府批准，海门市进行行政区划调整，决定原余东镇和原树勋镇合并成为新的余东镇。原树勋镇由抗日烈士范树芳和丁洪勋的名字命名。
