1、依据不同：许可依据的一般法规和规章等不同：食品企业许可依据的是食品生产许可管理办法，食品小作坊依据的是省食品安全条例。
2、申请人的主体资格范围不同：食品企业申请人是企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等均可，小作坊只可以是个体工商户。
3、申请许可的食品类别不同：食品企业可申请食品类别28类，小作坊申请类别19类，且具体类别也不尽相同，因此在办理生产许可证时要注意。
扩展资料：
小作坊一般规模较小，而企业一般规模较大。但是这也不是绝对的，因为在食品安全法中并没有规定食品生产企业的规模，只要符合国家规定，都是可以取得相应的许可。
另外生产企业成本较高，所以一般情况下规模是大于小作坊的。食品生产企业因为取得了食品生产许可证才称为食品生产企业，而小作坊并不一定。
除此之外食品安全法中并没有规定小作坊的许可，只是要求各省市自行出台管理规定，而部分省份至今没有出台小作坊管理办法。所以有一部分地区的小作坊是处于无许可经营的。
