首先，在质监局办理食品经营生产许可证，这个是办理个体营业执照的前置许可，即必须先办这个证才能在工商局申请办理营业执照
其次，办理完许可证再到工商部门办理营业执照。根据我国《食品安全法》的相关规定第二十九条规定国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品流通、餐饮服务，应当依法取得食品生产许可、食品流通许可、餐饮服务许可。
小作坊食品加工许可证办理主要有以下几方面困难：
1、生产场地：取食品生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求人流物流要分开防止交叉污染，配备消毒设备，通风系统，采光等都有严格要求。
2、生产人员：食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员.
3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.
办理食品生产许可证需要准备的材料：
1、有效期内名称预先核准通知书（或营业执照）复印件；
2、组织机构代码证复印件；
3、法定代表人、负责人或投资人的资格证明或身份证复印；
4、经备案的企业标准（无国家标准企业采用的企业标准）；
5、生产加工场所有关情况、平面图（标尺寸、面积等主要参数）及其有权使用证明材料（房产证、土地使用证或租赁合同）；
6、周围环境平面图；
7、各功能间布局图复印件（标尺寸、面积等主要参数）；
8、设备布局图；
9、工艺流程图（附关键参数说明）；
10、当地环保部门核发的符合要求的证明文件复印件(环境影响批复及验收报告或环保主管部门出具的证明文件)；
11、产品出厂检验报告、原始记录、产品比对实验报告、委托检验协议及报告；
12、产品使用说明书或产品标签；
13、各项质量安全产管理制度文本及清单；
14、生产设备、检验设备清单及有权使用证明(购买凭据、合同或企业自我承诺书)；
15、现行有效的国家、地方、行业标准清单及文本；
16、生产过程中所需的各种规程、作业指导书等工艺文件；
17、原辅材料、包装材料、食品添加剂等产品供应商的生产许可证、营业执照、合格检验证明或报告；
18、申请书格式文本；
19、各项企业质量安全记录（与质量安全管理制度相对应）；
20、其它相关证明文件（如：员工健康证、检验员证等）。
扩展资料
营业执照是工商行政管理机关发给工商企业、个体经营者的准许从事某项生产经营活动的凭证。其格式由国家工商行政管理局统一规定。
其登记事项为：名称、地址、负责人、资金数额、经济成分、经营范围、经营方式、从业人数、经营期限等。营业执照分正本和副本，二者具有相同的法律效力。正本应当置于公司住所或营业场所的醒目位置，营业执照不得伪造、涂改、出租、出借、转让。
没有营业执照的工商企业或个体经营者一律不许开业，不得刻制公章、签订合同、注册商标、刊登广告，银行不予开立帐户。
应具备的条件
1、有经营能力的城镇待业人员、农村村民以及国家政策允许的其他人员，可以申请从事个体工商业经营；
2、申请人必须具备与经营项目相应的资金、经营场地、经营能力及业务技术。
应提交的材料
（一）申请人提交书面申请报告；
（二）申请人身份证明；
1、城镇待业青年和其他无业人员，应持有劳动部门核发的待业证明；
2、退、离休人员应持退、离休证，提前退休凭单位退休证明；
3、辞退职（包括留职停薪）人员，应持有原单位批准的证明；
4、下岗职工，应持有劳动部门的下岗证；
5、农村村民，应持有当地乡（村）证明。上述人员登记时须持身份证，外地人员还须持有本市公安部门出具的暂住证，证生部门出具的流动人口计划生育证明（18周岁以上，50周岁以下）。
（三）个体工商户开业登记申请表；
（四）经营场地证明：
1、利用自有私房（非住宅）应递交房产产权证明，产权人把此房作为经营用房的证明；
2、利用自用公房应递交房管部门的住改非证明；
3、经营场地租用的，应递交房屋租凭协议和房屋产权证明；
4、经营场地在路边弄口，应递交交通、市容或城建部门的占用道路许可证或批准件；
（五）申请从事国家有关专项规定的行业或品种的生产经营，应提交许可证或有关部门的审批文件；
（六）聘用从业人员的，应提交与从业人员签订的劳动合同及从业人员的身份证明；
（七）登记机关认为应提交的其他证明文件。
参考资料：
