在建工程抵押和房屋预售之间没有必然的限制关系，应该是并行不悖的。
当房屋建设到符合《房地产管理法》44条的规定和《商品房预售管理办法》规定的条件时，开发单位就可以办理预售许可证。
当房屋建设到一定程度，开发商为了解决后续建造资金，经和银行协商一致，以合法取得的土地使用权连同在建工程建成的资产设定抵押权时，只要主债权合同有效，并签订有在建工程抵押合同，就可以申请在建工程抵押。
问题是，先设定了在建工程抵押，后取得了预售许可证，预售在建工程的抵押物时如何处理。一般是经抵押权人同意，会同抵押人共同申请在建工程抵押权变更登记，将需要出售的抵押物注销抵押权后，即可进行预售，也不影响变更后的在建工程抵押权的存在。
操作时，先办理在建工程抵押权变更登记，减少可能出售的抵押物或增加别的在建工程抵押物，注销相应的抵押权内容，然后，将不在在建工程抵押权内的预售房屋进行预售。
