根据《劳动合同法》第五十条第二款的规定，劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。所以，为了确保劳动者能够按时交接工作，可以与其约定相关的经济补偿金等都于交接完毕时支付。在此要注意：如果双方约定了办理工作交接的时间，劳动者没有按照约定办理，此时，用人单位自然可以对抗劳动者支付经济补偿金的请求。
笔者建议，用人单位应当用规章制度来规范劳动者的离职手续，应该在劳动合同中写明员工离职时应该严格按照公司的规章制度办理离职手续，并在规章制度中对此进行具体、详细的规定。并且，用人单位应在规章制度中明确规定劳动者拒不配合用人单位进行工作交接的，属于严重违反规章制度的行为。
根据《劳动合同法》第三十九条明确规定了如果劳动者严重违反规章制度的，用人单位可以解除劳动合同，并且不用支付经济补偿金。这样的话，劳动者一旦出现拒不配合的情形，用人单位就可以以此为由解除劳动合同。这样会对劳动者产生两个方面的影响：1、对于原本有经济补偿金的劳动者，会丧失经济补偿金；2、对于自动辞职的劳动者，劳动关系终止的原因会由辞职转变为因严重违纪而被公司解除劳动合同，这对其以后的再就业会产生一定的影响。
此外，用人单位还可以在规章制度中明确法律的规定因劳动者不按照约定办理工作交接，给企业造成损失的，劳动者应承担相应的赔偿责任。
