古代普鲁士地区仅包括今日立陶宛以南、波兰东北部维斯瓦河河口以西、以但泽为中心的西普鲁士地区，以及俄罗斯加里宁格勒原东普鲁士地区的领土。1295年占据普鲁士的条顿骑士团购买了波美拉尼亚和但泽地区。1308年自勃兰登堡选帝侯手中购买了纽马克地区，普鲁士同神圣罗马帝国本土接壤。15世纪时将但泽和西普鲁士割让给波兰。
1618年普鲁士公国并入勃兰登堡选侯国，至1701年普鲁士王国成立的时候，其领土以普鲁士王国的首都柏林为中心，包括勃兰登堡、波美拉尼亚、纽马克和阿尔特马克，以及德意志南部的霍亨索伦-西格马林根地区。18世纪时，普鲁士先后从瑞典、波兰和奥地利获得前波美拉尼亚、波森、西里西亚等地区。三次瓜分波兰后，普鲁士获得了新东普鲁士、南普鲁士、但泽、托伦、以及波兰王国的西部和中部，包括华沙地区。1806年普鲁士败于拿破仑后，被迫割让波兰地区，法国在此成立华沙大公国。拿破仑战败后，在1815年维也纳会议上，普鲁士失去了拜罗伊特、安斯巴赫、纳沙泰尔（加入瑞士）、东弗里斯兰、希尔德斯海姆等领地，华沙大公国除西部以波森为中心的一小块领土外都被俄国吞并。作为补偿，普鲁士获得了萨克森王国五分之二的领土，以及德意志西部的汉诺威、明斯特主教区、莱茵河东西两岸的威斯特伐利亚和莱茵兰、以及萨尔路易、萨尔布吕肯等领土。
19世纪，普鲁士经过战争，又先後兼并了黑森-莱茵、石勒苏益格、荷尔斯泰因、法兰克福等王国、公国和自由市。到1871年成立德意志帝国时，普鲁士王国已经拥有22个省，包含了巴伐利亚、巴登、符腾堡以外的大部分现今德国领土与西波兰及北波兰。
第一次世界大战後，原属普鲁士王国的波森省、西普鲁士和但泽割让给波兰，默麦尔地区割让给立陶宛，石勒苏益格的北部归还丹麦，莱茵兰地区南端被并入萨尔区。第二次世界大战后，根据盟军定下的奥德河-尼斯河线，界线以东的东普鲁士、西里西亚及波美拉尼亚被并入苏联及波兰；普鲁士的西部地区并入西德，中部并入东德，地理意义上成建制的普鲁士已不复存在。
