新时期以来，农村基层党组织带领群众在做好“三农”工作，有效推动农村改革和发展方面做出了突出的贡献，总体来看，农村基层党组织的功能得到了比较充分的发挥，核心地位得到了不断巩固。但是，我们在看到成绩的同时，也应正视农村基层党建工作中存在的突出问题，尤其是农村基层党组织的领导核心作用发挥不够的现象仍然存在，成为农村党员群众反映集中的问题。这一问题不解决极易影响农村基层的稳定和社会的和谐发展，必须引起我们的高度重视。问题主要表现在：农村基层党员的民主权利得不到根本保障，党员先锋模范作用发挥不够，党组织凝聚力、向心力下降；服务群众意识不强，在贯彻落实党的路线、方针、政策方面缺乏执行力，致使有些好政策成了摆设或走了样，降低了党组织的威信；有的村子黑恶势力、宗族势力占据上风，基层党组织发声无力，有的甚至形同虚设，处于“空转”或瘫痪状态；在基层民主选举过程中，存在贿选、拉票等不正之风，有些村干部丧失党性原则，不能站在群众立场上思考处理问题，甚至成为不正之风或是黑恶势力的保护伞；农村基层干部队伍建设力量薄弱，与社会主义新农村建设、国家治理体系和治理能力现代化的要求还有不小差距；农村党员信仰和教育缺失问题亟待解决，部分党员存在身份认同缺失，党员意识薄弱；党员与党组织的关系比较松散，缺乏组织观念和党的意识，对党组织没有认同感和归属感等。要改变这些现状，不断坚持农村基层党组织的领导核心地位，需要我们从以下几个方面做出努力：
完善基层党组织设置，是坚持农村基层党组织领导核心地位的组织基础。随着农村经济结构的调整，党支部的设置要有所创新，可以突破过去一村一支部模式，将支部建在产业链上或是专业协会中，也可在农业企业、农民合作社、农业社会化服务组织等中建立党组织，以扩大党组织的覆盖面。特别是在新经济社会组织和新的社会活动领域，凡符合条件的都要建立支部。比如浙江杭州市江干区把党支部建在村民小组的创新实践，就是对农村传统建党模式的突破，丰富和发展了党的组织建设理念。村民小组党支部的建立，不仅优化了农村基层党组织设置，细化了对党员的管理，更好地发挥了党员的先锋模范作用，还有利于提高村级党组织化解村庄内部矛盾、促进社会和谐的能力，同时也增强了党组织的凝聚力，巩固了党组织的领导核心地位，是一项非常有益的实践探索。
选好用好农村基层党组织带头人，是坚持农村基层党组织领导核心地位的关键。农村基层党组织带头人是贯彻落实党的路线方针政策的关键。为增强带头人队伍活力，加强农村基层党组织建设，推动基层基础建设全面进步和精准扶贫、精准脱贫，中央决定选派机关优秀干部到村任第一书记。这是新时期坚强基层党组织建设的制度创新和有益尝试。当前我们要按照中央要求认真做好大学生村官和选派“第一书记”工作，让农村基层党建强起来。比如上海市崇明县委选派乡镇委局、事业单位工作人员任农村党支部书记，取得了显著成绩。
整顿软弱涣散党组织，是坚持农村基层党组织领导核心地位的重点任务。对党组织班子配备不齐、党组织书记空缺或不能胜任的，要限期调整、配备到位；对村级管理混乱、矛盾集中的，要把问题理清楚、把矛盾化解掉；对宗族势力干扰村务、黑恶势力活动猖獗的，要依法严厉惩处；对仅靠乡村力量难以解决的棘手问题，要派专门工作组进驻帮扶，形成常态化整顿机制；对部分村“两委”班子不团结，党委对村委会失去制约，党和政府权威弱化的问题，要进一步理顺村两委的关系，明确职责，健全制度，从而避免个别地方甚至出现的 “两台戏”的现象；对换届选举中出现的拉票贿选或干扰选举等行为，应不断规范相关的制度和条例，使其具有可操作性，从而进一步维护乡镇政权权威，进而不断巩固农村基层党组织的领导核心地位。
壮大农村党员队伍，充分发挥党员的先锋模范作用，是坚持农村基层党组织领导核心地位的重要保证。目前，农村党员存在外出务工党员多、党员老化现象严重等问题。为此，要不断顺应新形势，探索对党员尤其是外出务工党员教育管理和培训的新方式，从而不断提高党员队伍的素质。同时还要做好发展党员工作，把素质好、能力强的先进分子发展到党内来。注重在农村新的经济社会组织中、在有为的青年创业农民中发展党员，以逐步改善党员队伍结构，不断壮大农村各领域党的力量。此外，还要建立对农村党员干部的关怀和激励机制，以便调动他们的积极性，从而更好的发挥党员的先锋模范作用。要通过开展主题教育活动，寻找有效载体，号召广大农村党员带头执行党的路线、方针、政策，通过自己的辛勤劳动创业致富。上级党组织还要加大培训力度，使党员在新农村建设中真正成为农民的带头人和贴心人。
完善细化农村基层党建工作责任制，把党要管党、从严治党落到实处，是坚持农村基层党组织领导核心地位的重要环节。进一步细化基层党建工作责任制，增强可操作性。把“党要管党、从严治党”的总要求，放到新农村建设和实现“四个全面”的大局中去谋划，突出农村基层党组织的领导核心作用。具体而言：要逐级明确责任，强化工作措施；做好日常监督检查和定期考核评价工作，将农村基层党建工作的落实情况，纳入纪委纪律检查的内容，并把考核结果作为评定农村基层党组织及其成员工作绩效的重要内容，同时作为选拔任用、培养教育和奖励惩戒的重要依据。
扎实推进基层服务型党组织建设，多为群众办实事、办好事，是坚持农村基层党组织领导核心地位的根本价值追求。当前，我国正着力推进社会主义新农村建设，农村基层党组织要充分发挥战斗保垒作用。要树立以农民为本的思想，切实树立服务三农的意识，从而推动农村经济发展和社会和谐。在工作方式上，要积极适应现代管理的要求，从重“管理”向重“服务”转化。着力解决农民关心的通讯、道路、饮水、经济发展、文化生活等方面的热点问题，为他们排忧解难。比如我省开展的“基层建设年”活动和“农村面貌综合提升工程”就是很好的服务群众之举，取得了良好的效果，深受广大干部群众的支持。
