中国载人航天工程按行政、技术两条指挥线组织开展研制、建设工作，设立了总指挥、总设计师联席会议制度。总指挥、总设计师联席会议研究决定工程实施过程中的重要问题，重大决策报请国务院批准后实施。工程总指挥、副总指挥分别由总装备部、工业与信息化部、中国科学院和航天科技集团公司领导担任；工程总设计师、副总设计师由技术专家担任。
中国载人航天工程办公室负责中国载人航天工程的规划计划、总体技术、工程研制、基本建设和技术改造、经费等工作，按照工程总指挥、总设计师联席会议的决定，对工程的计划、技术、质量等进行全系统、全过程的管理，统筹协调工程各部门、各系统的工作。办公室设主任一名、副主任两名，下设科技计划局、工程建设局和工程总体室三个业务局室。
