开征环保税对企业负担的影响，主要取决于改革前后企业的名义负担（排污费的征收标准与环保税的税率水平）和征管的变化。
一是企业名义负担的变化取决于地方对环保税具体税率水平的确定。
按照税费改革的负担平移要求，环保税的税率下限与排污费的最低征收标准是一致的，因此名义负担的变动主要取决于地方根据授权所确定的环保税具体税率水平。
实际上，国内部分地区已经在2015年6月底前自行调整和实施了更高的排污费征收标准，如北京（最低标准的8～9倍）、天津（5～7倍）、上海（3～6.5倍）、江苏（3～4倍）、河北（2～5倍）、山东（2.5～5倍）和湖北（1～2倍）等地区。
如果各地区在环保税开征后所确定的具体税率水平选择与本地区调整的排污费征收标准是一致的，那么各地区企业的名义负担是没有变化的。但考虑部分地区可能会在环保税开征后选择高于本地区原排污费的征收标准，这种情况下企业的负担将有所加重，具体加重程度与地方提高环保税具体税率水平的程度相关。
二是环保税的征管力度加强在一定程度上增加企业实际负担。
从征管后的实际负担来看，环保税费改革后，征管力度加强，过去企业在排污费征管中可能存在的协商收费和欠缴问题，将在税务机关征管下得以解决。
同时，随着环保部门对企业污染物排放监管的趋严，数据造假行为将会逐步减少，企业申报的排污量等数据也将更为真实可靠。因此，环保税相对于排污费的征收率将会提高，这在一定程度上增加了企业的实际负担。
此外，原来没有缴纳排污费的一些企业，在环保税实施后可能被纳入征收范围，也会增加这部分企业的负担。
如果环保税实施后，各地区继续选择与原排污费标准相同的税率水平，与环保税开征后的名义负担变动相比，因为征管所带来的征收率提高和纳税人数量增加等将可能成为影响企业负担的主要因素。但要强调的是，增加的环保税负担，相对于过去企业因征管不力等问题所获得的不合理负担减轻，也是企业应该承担的负担。
对企业经营和管理的影响
一是环保税实施总体上对企业经营影响较小。从现行企业税费负担的构成来看，排污费并不是税费负担的主要构成部分。
国家统计局调查数据显示，2015年规模以上工业企业的税金，包括应交增值税、企业所得税、营业税金及附加、管理费用下税金等，占营业收入的比值为5.36%，而2015年的排污费收入为173亿元，占规模以上工业企业主营业务收入比重的0.02%。
可以看到，在不考虑其他收费的情况下，排污费占规模以上工业企业税费收入的比重只有0.29%。即使考虑到部分排污量较大的工业企业情况，排污费占企业缴纳税费总额的比重一般也低于1%。因此，实施环保税总体上并不会对企业经营产生较大影响。
考虑环保税开征后对企业污染物排放监测的加强，企业为达到污染物排放标准需要加大污染物防治力度，包括增加污染物自动监测设备等设施投资和提高污染减排设施的运行成本等，将会增加企业在污染治理方面的负担。
但应认识到，即使在目前国内降成本和促进实体经济发展的背景下，排污企业承担合理的环境成本也是必要的。同时，环保税也提出了对纳税人用于污染物自动监测设备的投资予以资金和政策支持，以减轻其相关负担。
二是环保税将要求企业加强环境管理和税务管理。企业需要自行申报应税污染物的排放种类、数量、浓度和应纳税额等，并对申报的真实性承担责任。税务机关则对企业纳税申报数据资料进行比对，并可以申请由环保部门进行复核。
相对于排污费征管而言，企业需要严格遵从税收征管法等规定程序申报纳税，并承担更为明确的法律责任。因此，企业需要加强在环境和税务方面的管理，保证纳税申报的准确性和真实性，减少因管理不足带来的税收风险。
综合来看，在环保税基本制度改革不大的情况下，开征环保税对企业负担和经营管理方面的影响较小。但对于未能严格执行环保标准和排污费规定的部分排污企业而言，开征环保税将会给企业带来一定的影响。
