按照高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%进行抵扣填报。
增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票（不含财政票据，下同）上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%；
一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%；通行费，为有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。
扩展资料：
增值税抵扣要求规定：
1、税法规定的扣税凭证有增值税专用发票，海关完税凭证，免税农产品的收购发票或销售发票，货物运输业统一发票（或者部分实施“营改增”地区的运输业增值税发票）。
2、纳税人销售软件产品并随同销售一并收取的软件安装费、维护费、培训费等收入，应按照增值税混合销售的有关规定征收增值税，并可享受软件产品增值税即征即退政策。
3、企业购进的固定资产，无论是从国内购入的还是进口的或是捐赠的，其进项税额不得从货物的销项税额中抵扣。
参考资料来源：国家税务总局-关于收费公路通行费增值税抵扣有关问题的通知
