本身违法原则和合理原则的区别：
（一）本身违法规则反映的是一个事实定位的问题，违法行为的存在与否是法院或竞争管理机关做出裁决的基础。合理分析原则反映是一个价值判断问题，合理分析原则强调的是对当事人限制竞争行为后果的考量，当事人的主观意图并不重要，当事人的行为是否限制了竞争也并不重要，关键在于这种限制带来的好处是否大于限制所产生的害处。如果害处多于好处，那么就要受到反垄断法的规制；如果好处大于害处，对限制竞争行为的规制是没有意义的。
（二）本身违法原则和合理分析原则的对立反映了反垄断法实施过程中，诉讼成本和社会成本的矛盾。适用本身违法原则，只要认定限制竞争的事实的存在就足以做出裁决，因而诉讼成本非常低，但是毫无例外地禁止一切限制竞争行为也是比较危险的事情，很可能遏制了生气勃勃的竞争的过程，否定新的商业组织方式和经营策略，有可能产生巨大的社会成本。
（三）本身违法原则和合理分析原则在实施过程中要考察的内容不一样。本身违法原则主要关注的是当事人的主观恶意。当事人之间进行共谋的事实或当事人单方面滥用支配地位的行为，都仅仅显示、表露了当事人的恶意。反垄断法所规制的就是当事人实施垄断行为的恶意，而不管当事人的市场地位，当事人所限制的价格的合理性，当事人是否已经实施了限制竞争的行为以及当事人行为的可能后果。
（四）本身违法原则往往体现对多重立法目的的维护，合理原则常常体现了对经济效率目标的偏爱。
