灰树花的形态分为菌丝体和子实体两大部分，可食用的部分就是灰树花的子实体，也称菇体。灰树花菌丝体和子实体均是由无数菌丝交织而成的。
（一）菌丝体单条菌丝半透明，在显微镜下观察有分枝，横隔成多细胞。菌丝体是许多条菌丝的总称，看起来像棉丝，是灰树花的营养体，其在基质上不断生长繁殖，有分解基质、吸收水分和无机盐、运输和积累营养的作用，使菇体得以生长发育。
菇体散发出的担孢子萌发后，生成初生的单核菌丝，此时每个细胞仅含单核，染色体为单相，因此不能形成子实体。不同“性别”（细胞核不同）的初生菌丝相互融合发生质配，进而发生核配与减数分裂，发展成为双核菌丝，其每个细胞含有双核，染色体为双相才能形成菇体。此过程为有性繁殖。
灰树花菌丝在越冬或遇不良环境时能形成菌核，菌核直径5～15厘米，菌核的外层由菌丝密集交织形成，呈黑褐色。菌核内部由密集的菌丝、土壤砂粒和基质组成。菌核既是越冬的休眠器官，又是营养贮藏器官，野生灰树花的世代就是由菌核延续的。因此野生灰树花在同一个地点能连年生长。
（二）子实体它是灰树花的繁殖器官，一个成熟的灰树花子实体由多个菌盖组成，重叠成覆瓦状，群生。
1.菌盖灰树花菌盖肉质，呈扇形或匙形，直径2～8厘米，厚2～7毫米。灰白色至灰黑色（菌盖颜色与品种及光照强度有关），有放射状条纹，边缘薄，内卷。幼嫩时，菌盖外沿有一轮2～8毫米的白边，是菌盖的生长点，子实体成熟后白边消失。当子实体幼嫩时，菌盖背面为白色。子实体成熟后，菌盖背面出现峰窝状多孔的子实层，菌孔长1～4毫米，每平方厘米有菌孔20～32个，管孔白色，呈多角形。菌孔侧壁着生子实层，能产生担孢子。灰树花孢子印白色，在显微镜下观察，孢子卵形，光滑。
2.菌柄菌柄多分枝，侧生，扁圆柱形，中实，灰白色，肉质（与菌盖同质）。成熟时，菌孔延生到菌柄。
