1908年1月初，柏格理踏上了回英国休养的旅程。在经过一个又一个村寨时，人们用苗语向他喊道：“再回来看我们！”柏格理在日记中写道：“我答应了他们，我一定要回来。”他真的回来了，而且永远留在了这块苗民的居住地。
1915 年7月一场可怕的传染病“伤寒”传到石门坎，并在这里爆发开来。这是苗族人所说的最可怕的“黑病”。很多苗民和学生都病倒了，一个刚打了预防针的牧师也病 倒了。学校山崖下的一个山洞被当作临时隔离治疗室。在那里，柏格理一直守护着病人。在守护中，他不幸也被感染上。他坚持把有限的药品留给村民，而他自己却 再也没有起来。
9月15日，他离开了这个世界，时年51岁。在苗乡长达11年的艰辛创建之后，这个看似文弱但内心坚韧的传教士长眠于这块他所爱的土地。据《昭通教会史》记 载：“柏牧师死于石门。出殡时，苗、彝、汉送殡者有好几百人，无一人不痛哭失声，陵壑相应。创建苗族致丰功伟业，岂但该族戴其德泽，凡我西南教区各族群 众，莫不尊之为父。”人们为他捐资修建坟墓，墓地就坐落在一个俯视石门槛的小山坡上。墓碑两边写着“人竟宿于石门，神将赐以木铎”。
柏格理生前曾多次向人表示，他来中国的目的是要获得“一个民族的归信”。凭着他对神的信靠，神终于满足了他这个心愿。他日记的编辑者甘铎理说：“当初柏格理 并没有选择中国西南为自己的传教领域，倒是它选择了柏格理，然而他立即就将它当成自己的选择，并向云南倾注了他全部的爱心。”耶稣说：“我实实在在地告诉你们，一粒麦子不落在地里死了，仍旧是一粒，若是死了，就结出许多子粒来。爱惜自己生命的，就失丧生命，在这世上恨恶自己生命的，就要保守生命到永生。 ”（约12:24-25）
