很多时候，柏格理更像是一名热忱勇敢的医生。他还在昭通时就开始用简单的西医卫生知识给人看病发药了。这个英国传教士在昭通的家庭住所变成了当地的西医医院。
进入苗乡后，在与当地的巫师斗争取得胜利之后，石门坎的药房最初也设在他们居住的“五镑小屋”中。这个药房成了与教堂、学校同样热闹的地方。每当礼拜结束之 后，就有川流不息的人到药房来求医问药。他的妻子通常把粉末药物包在纸包内，液体药则是倒进半个鸡蛋壳内，给那些前来求医问药的人。
柏格理甚至为当地人种牛痘。他专门从家乡带来一批小刀片和疫苗。当自己顾不过来的时候，他就办班培训。很快，那些被选中的传道士兼教师又成了接种员，揣着令 人羡慕的闪亮锋利的小刀，满腔热忱地到处为苗民接种。“柏格理亲自为我们苗家人治大脓疮，连大麻风都不怕。”这是1957年贵州省工作组下到石门坎进行调查时所记录的苗族教徒的话。
麻风病人在过去是被厌弃的群体。1914年，当柏格理听说广西都督诱杀活埋麻风患者的消息时，他在报刊上愤怒地谴责，英国一个麻防组织很快与之联系并汇来一些钱。柏格理用这些钱买了粮食和布，定期发放给附近的患者。他去世后，这个教会对麻风病患者的道义责任一直延续了下来。四年以后，继任者张道惠向传教团体申请到了资金，购得附近一片有水源的荒地。这个滇东北、 黔西北最早的麻风病院很快就接收了昭通、威宁、彝良一带的几十名麻风病患者。很多病人是拖着溃烂的身体过来的，在接受治疗以后，就在这里过着集体生活。至 今这个麻风村还在。
1927年石门坎出了第一个苗族医学博士:吴性纯。更为难得的是：吴博士拿到博士学位后，坚决放弃城市生活回到石门坎，创办平民医院，开展中医治疗和西医手术，办护理学校培训护士，普及农村卫生教育。
