1984年10月召开的中共十二届三中全会做出了《关于经济体制改革的决定》。
从1984年起，经济体制改革的重心由农村转向城市。《关于经济体制改革的决定》指出，社会主义经济是公有制基础上的有计划的商品经济。这样把社会主义经济界定为商品经济，而不是计划经济，的确是认识上的一次质的飞跃。
第二阶段中采取的主要措施有：农业方面，进一步完善联产承包责任制，着力改革农产品流通体制；工业方面，进一步扩大企业自主权；工资改革是1985年的重要改革任务；对方开放方面，1984年初，邓小平同志视察深圳特区时做出了“特区是对外开放窗口”的讲话，进一步推动了开放。
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1984年10月党的十二届三中全会通过的《中共中央关于经济体制改革的决定》，第一次突破了把计划经济与商品经济对立起来的传统观念，正式提出了社会主义经济是公有制基础上有计划的商品经济的思想。1987年党的十三大在有计划商品经济理论的基础上，对社会主义市场机制问题进行了新的概括和说明。
报告指出：“社会主义有计划商品经济的体制，应该是计划与市场内在统一的体制”。同时提出了“国家调节市场，市场引导企业”的经济运行机制模式。但是这一理论把发展市场体系仅仅理解为发展商品经济，因此对于市场机制的理解还比较简单。
在实践方面，这一时期实施了以城市为中心的全面体制改革，改革的内容、范围十分广泛，几乎涉及到生产关系的所有方面和部分上层建筑。通过所有制方面的改革，调整了所有制结构。在总的结构上，从过去的单一公有制经济结构逐渐改变成为以公有制为主体、多种经济成分并存的所有制结构。
通过体制改革和运行机制的转变，为实行社会主义市场运行机制准备了体制基础。计划体制、投资体制、财政体制、流通体制、价格体制、分配体制和社会保障制度都进行了以引进市场机制为主要内容的改革。
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