缸内直喷，和自然吸气，是两个不同的概念，并不矛盾，很多发动机就是自然吸气的缸内直喷发动机。
我想你问的是缸内直喷（GDI）和普通TSI之间的区别。
普通TSI发动机，其汽油的供给是喷到进气道内雾化，再由流经的空气带走，经过进气门到达气缸内燃烧。
GDI发动机，其汽油的供给是直接喷到燃烧室内雾化。按照燃烧方式的不同，又分为均质燃烧和分层燃烧两种设计，常见的是均质燃烧，分层燃烧技术还不是十分成熟和普及。
TSI，供油压力通常在3.5或者4bar。
GDI，第一级供油压力通常在4bar以上，喷射前在高压油轨内的压力可达到120bar或者更高。
优缺点：
1、相对于TSI，GDI 的最大优势就是经济性，还有动力性也有所提升。在低负荷工况时，缸内直喷发动机可根据负荷来决定喷油量，在低负荷时，喷油嘴只喷出最低限度的油量集中在火花塞的周围，气缸内的其他部分都是纯净的空气。区别于以往油气混合体均匀分布的状态，分层燃烧时可以控制喷油嘴，在活塞压缩行程达到最高点；火花塞点火前的瞬间才开始喷油。而且在燃烧时空气层隔绝了热，减少了热量向汽缸壁的传递，从而减少了热量损失提升了发动机热效率。
2、同样，缸内直喷这种先进的燃烧技术也会带来一些负面影响。因为在低负荷工况下，会产生相当大量的NOx（氮氧化物）与高温，这样对于三元催化器的要求会很高。
3、GDI发动机技术要求比较高，成本高。
