这个比较麻烦。
只要是投标过程没有违规，不管中没中标，保证金都应该退。
现在甲方提出你方违约，不予退还保证金。但是在评标完成之后有3种主要情况会造成投标方违约：一是撤回投标，二是投标过程中违规（不正当竞争、影响评标过程），第三种情况就是中标方不按投标文件与甲方签订合同。这三种情况是要没收保证金的。现在关键问题是你所说的付款方式不对是怎么个不对法，是你们的付款方式与招标文件不一致？还是甲方要变更付款方式。
第一种情况，你们的付款方式与招标文件不一致，如果招标文件规定了付款方式是关键参数（前面打了*号）那么你们应该是废标，不可能中标。如果不是关键参数就说明甲方能够接受其他的付款方式，这种情况下如果你们中标，则默认了甲方接受你们的付款方式，如果甲方不同意则责任在甲方。
第二种情况，甲方要变更付款方式，则不管你们的付款方式与招标文件是否吻合，责任都在甲方。
综合以上，只要你们中标，则甲方要求变更付款方式，否则不予退保证金是违规的，可以向主管部门投诉。
