业主方项目管理最核心的问题是其组织结构，在进行项目管理组织结构图设计时，需要考虑多方面的因素，包括工程的规模和特点、项目结构、业主方管理人员的人力资源的条件、合同结构、工程任务的委托和发包的模式。
国际上业主方项目管理的模式主要有三种：
A模式：业主方依靠自有的人力资源自行管理；
B模式：业主方委托一个或多个工程管理咨询(顾问)公司进行管理；
C模式：业主方委托一个或多个工程管理咨询(顾问)公司进行管理，但业主方的人员也参与管理。
当业主方拥有较充分的人力资源，有能力自行管理项目建设，则可采用A模式。而若业主方不具备条件自行管理项目建设，则可考虑采用B模式或C模式。
如业主方不习惯，或不放心把项目建设的管理任务都委托工程管理咨询(顾问)公司进行管理，可采用C模式。
FIDIC的有关合同文本规定，如采用上述C模式，则业主方的管理人员将在业主方委托的工程管理咨询公司的项目经理领导下工作。
在多数工业发达国家中，凡公款投资的项目(或有公款投资成分的项目)都由政府主管部门直接进行工程管理，其目的是保护纳税人的利益。政府主管部门管理工程项目的能力非常强，采用的基本上是A模式。有些工业发达国家，由于公款投资项目的数量太大，政府也委托半官方的事业单位(如日本的高速公路公团)或非盈利性的组织进行公款投资项目的管理。非公款投资的项目则较多采用B模式或C模式。
我国有些财政投资的大型项目还是采用传统的工程指挥部的模式进行工程管理。工程指挥部往往是临时性组织，待工程建设结束后,指挥部的历史使命也就完成。因此，不少工程指挥部只有一次性的工程管理失误的教训，而难以积累工程的经验。
业主方项目管理的组织结构与工程任务的委托方式、发包模式和合同结构紧密相关。对于同一个项目，若采用建设项目总承包，或采用施工总承包，或采用施工任务的平行发包，其相应的业主方项目管理的组织结构必然是不同的。
由于线性组织结构的指令源是唯一的，有利于工程的协调、组织和指挥，有利于项目目标的控制，因此线性组织结构模式在国际上得到广泛的应用。工程规模较大，且包含多个子项目的建设项目，为避免工作指令路径过长，较多采用矩阵组织结构模式。一般的建设项目不宜采用职能组织结构，因为矛盾的指令源对工程的进展，对项目目标的控制都不利。但是，我国多数建设项目采用的还是传统的职能组织结构模式，多重和矛盾的指令源的问题始终没有得到解决。
