你好：
我是卫生局工作人员，现任某市医政科科长，你的问题我正好回答。
按照《医疗机构管理条例》和《医疗机构申请、设置和审批管理规定》，医疗机构的设置，不管是民营的，还是公立的，或者是企业办的，其申请、设置和审批的直管都是市卫生局。但是具体到实际的申请就比较复杂了。建议你按照如下程序进行。
1、向市卫生局或区卫生局咨询，在《医疗机构设置规划》内，是否有多余的名额，如果一个辖区名额满了，那就只能到其他的区申请设置了。
2、如果没满，就可以向区卫生局打报告，填写设置申请书，期间要找好地点，准备好启动资金，一般现在要求2000-5000万。
3、请区卫生局现场查看，是否符合设置要求，如果符合，由区卫生局打报告，向市卫生局申请设置，由市卫生局按照卫生部94年出的《医疗机构设置标准》现场查看，然后可以开始装修，招医生了。
4、装修好了，医生招到了，可以向区卫生局申请注册了，区卫生局现场审核后，想市卫生局报告，然后市卫生局现场审核，发证，就可以开业了。
