关于海关进口增值税专用缴款书的抵扣期限，具体情况有以下两种：
根据《国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知》（国税函[2004]128）附件1《海关进口增值税专用缴款书稽核办法》的规定：
增值税一般纳税人取得的2004年2月1日以后开具的海关完税凭证，应当在开具之日起180天后的第一个申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额。
根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（国税发[2004]148）的规定：
纳税人进口货物，凡已缴纳了进口环节增值税的，无论其是否已经支付货款，其取得的海关完税凭证均可作为增值税进项税额抵扣凭证。
扩展资料：
抵扣流程
一、增值税一般纳税人进口货物取得属于增值税扣税范围的海关缴款书，2017年7月1日前开具的180天内，2017年7月1日及以后开具的360天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据，以下简称《抵扣清单》）申请稽核比对，逾期未申请稽核比对的不予抵扣进项税额。
二、每月申报期内，税务机关向纳税人提供上月《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》（以下简称《稽核结果通知书》）。
对稽核结果为相符的海关缴款书，纳税人应在税务机关提供稽核结果的当月申报期内申报抵扣，逾期不予抵扣。
对稽核结果为不符、缺联、重号的海关缴款书，纳税人应以海关缴款书原件为依据，逐一进行核对，并区别情况按以下要求处理：
（一）属于纳税人信息采集错误的，纳税人可在主管税务机关提供稽核结果的当月申请数据修改，再次稽核比对，税务机关次月申报期内向其提供稽核比对结果，逾期未申请数据修改的不予抵扣进项税额。
1、纳税人重新采集数据的时间仍在报送期限（海关缴款书开具之日起90天）内的，可通过企业电子报税管理系统（下称电子申报软件）重新采集，并报送主管税务机关再次稽核比对。
2、纳税人重新采集数据的时间已超过报送期限的，可在主管税务机关提供稽核结果的当月，向主管税务机关填报《稽核异常海关进口增值税专用缴款书核对申请表》申请数据修改，再次稽核比对。
（二）不属于采集错误，纳税人仍要求申报抵扣的，由主管税务机关组织审核检查。经核查海关缴款书票面信息与纳税人真实进口货物业务一致的，纳税人应在收到税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期不予抵扣。
三、纳税人应在“应交税金”科目下设“待抵扣进项税额”明细科目，用于核算纳税人已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额。纳税人取得海关缴款书后，应借记“应交税金———待抵扣进项税额”明细科目，贷记相关科目。
稽核比对相符以及核查后允许抵扣的，应借记“应交税金———应交增值税（进项税额）”专栏，贷记“应交税金——待抵扣进项税额”科目。经核查不得抵扣的进项税额，红字借记“应交税金———待抵扣进项税额”，红字贷记相关科目。
四、增值税纳税申报表及“一窗式”比对项目的调整规定：
（一）非辅导期一般纳税人在2009年4月申报期，仍按《国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知》（国税函〔2004〕128号）等有关规定申报抵扣税款所属期为2009年3月的海关缴款书，并报送《抵扣清单》。
（二）辅导期商贸企业一般纳税人2009年4月纳税申报期仍按照《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的紧急通知》（国税发明电〔2004〕37号）等有关规定，报送海关缴款书待抵扣清单，并申报抵扣2009年3月稽核比对相符的海关缴款书。
（三）自2009年5月申报期起，纳税人在申报期内可通过主管税务机关办税服务厅或网上办税服务厅下载《稽核结果通知书》及清单，并把清单数据导入电子申报软件进行申报抵扣。其中：已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额填入《增值税纳税申报表》。
参考资料来源：百度百科-进口增值税
