海关进口增值税专用缴款书抵扣操作流程：
一、实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。
二、由于海关传递海关缴款书数据时限一般在缴款成功后10-25个工作日，我公司需先在电子口岸确认抵扣经营单位，客户先不要急上传海关缴款书。（最好在缴款书日期后25个工作日之后才上传比对）。
三、纳税人应按要求完整规范采集海关缴款书 海关缴款书号码在通关系统中共有22位，可抵扣的海关缴款书号码第20位必须是“L”。纳税人在采集海关缴款书时号码应完整规范录入，其中：数字、字母、符号以半角录入；大写英文字母“L”在内的22位号码必须填写完整；其中“—”不能以“/”代替；英文字母“L”一律为大写；通关系统开具的海关缴款书号码上行打印的括号和四位日期不属于缴款书号码，不应录入；开票日期应录入票面填发日期；如企业取得同一号码多张海关缴款书，税额应按末张海关缴款书最后一栏合计数录入。
四、
纳税人可自行通过网上电子申报系统查询海关缴款书稽核结果查询方法，应先选择海关缴款书上报月份然后再点击“稽核管理——查询比对结果”。具体操作请看《网上申报海关缴款书稽核操作说明》或咨询税务局技术服务公司。纳税人应注意网上比对查询方法避免由于操作错误导致错过抵扣期限造成损失。
