从你所述情况看，公司存在无故克扣员工工资的违约情形，并且违约解除合同，除了应足额支付工资外，还应支付经济补偿金。也就是说，你有权要回6各月底薪，并有权要求公司支付经济补偿金、违约金。
具体关于你的问题：
1.我是先交辞职申请，再去劳动部门申诉还是先申诉再辞职
首先，你不是陈述公司要把你辞职吗，那就等公司发出辞退通知再行提请仲裁；如果公司没有发出辞退通知，而你直接前往提请仲裁，有关经济补偿金恐难以得到支持；如果你现行提请劳动仲裁，实质上构成提出解除合同（即辞职），建议不要主动提交辞职申请（切记），公司很容易以此做文章，主张是你员工自动离职的。
2.有人说劳动仲裁费时费力，而且胜诉的可能还不高，是这样吗？
劳动仲裁制度是中国特色的严重偏向保护劳动者权益的劳动保障制度之一，实际运作起来，省时省力省钱，大量的实践证明，仲裁委一般都会认真考虑劳动者（弱者）的主张，并予以切实维权；实际上，胜诉不胜诉，关键在于员工提出的主张合不合理有无依据。
3.如果直接在法院诉讼的话有什么流程，大概要多少费用？
劳动争议必须先进性仲裁，劳动仲裁是处理劳动争议的前置程序；劳动者不能直接向法院提起诉讼，法院不会受理的；劳动争议仲裁不收费。劳动争议仲裁委员会的经费由财政予以保障。
4.在合同中，劳动报酬那部分，有一条是“甲方实行新的工资制度或乙方岗位变动时，乙方的工资待遇按甲方规定予以调整”公司现在说不发底薪了我还可以申诉回来吗？
你可以提出主张，根据国家统计局《关于工资总额组成的规定》，工资总额由下列六个部分组成：（一）计时工资；（二）计件工资；（三）奖金；（四）津贴和补贴；（五）加班加点工资；（六）特殊情况下支付的工资。而根据你的情况，你的工资应包括合同约定的底薪+提成工资等，你可以提出相应主张。劳动争议中，有关工资、考勤等，应由用人单位举证。
最后，建议直接向劳动仲裁部门提请仲裁，具体你可以直接前往劳动局咨询办理，提出的主张可包括：
1、足额补发工资并支付违约金；
2、支付相当于1个月工资标准的经济补偿金（你从2010年4月参加公司，若1月解除合同，则不到一年，按一年算，一年一个月工资补偿）；
3、其他违约违法情形：诸如未支付加班费、未足额缴纳社保医保等。
