革兰氏染色中初染液和复染液不能颠倒使用。
碘液要与结晶紫形成络合物，才能卡在革兰氏阳性细胞壁内。
革兰氏染色法一般包括初染、媒染、脱色、复染等四个步骤，具体操作方法是：
（1）载玻片固定。在无菌操作条件下，用接种环挑取少量细菌于干净的载玻片上涂布均匀，在火焰上加热以杀死菌种并使其粘附固定。
（2）草酸铵结晶紫染1分钟。
（3）自来水冲洗，去掉浮色。
（4) 用碘-碘化钾溶液媒染1分钟，倾去多余溶液。
（5）用中性脱色剂如乙醇（95%）或丙酮酸脱色30秒，革兰氏阳性菌不被褪色而呈紫色，革兰氏阴性菌被褪色而呈无色。酒精脱色为整个流程最关键的一步。
（6）用蕃红染液或者沙黄复染30秒，革兰氏阳性菌仍呈紫色，革兰氏阴性菌则呈现红色。革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌即被区别开。
