标准菌株，一般来讲，是美国ATCC有编号的菌株，当然，中国也有中国的标准菌株
质控菌株，通常是需要检测样品中不含有某菌株，必须对该菌株进行控制，不应在产品中检出的菌株。因为，一旦有该菌株出现，可能就会被认定为不合格产品。在医学专业中，有时候也用质控菌株作为参照。比如说在药敏试验，往往采用标准菌株做为质控菌株，然后评价所研究药物的作用。
野生菌，这个就是从自然界或者病人分离得来的菌株。
对于这三个概念，是规范名词，应该可以用于论文的。只是用的时候所知含义有所侧重。比如我们说免疫球蛋白就是从结构上的名词，而抗体就是功能上的名词。标准菌株是属于种属鉴定的规范参照菌，而质控菌株，往往是从功能或用途上讲的，通常是以标准菌株用来做质控的。而野生菌，通常体现出一个物种的原始状态，自然界中原始正常存在的，未受到抗生素(antibiotic)影响的。
