我国资本市场存在的主要问题：
(一)资本市场结构方面的问题
1、投资主体结构不合理
我国资本市场投资主体结构不合理，投资者现在还是以个人投资者为主，机构投资者数量相对来说较少，两者比重相差较大。个人投资者的投资行为主要是以投机为主，而机构投资者则更注重对上市公司基本面分析，似的资本市场具有极大的不稳定性，阻碍了这种稳定资本市场功能的发挥。
2、上市公司结构不合理
上市公司的机构不合理主要体现在：
(1)上市公司的股权结构不合理。国有企业虽经改制而成为股份公司，但实质上仍然是原来的国有企业，很难期望它能真正转换经营机制。在国家股和法人股始终占主导地位的情况下，流通股规模较小，很容易形成机构大户操纵市场的局面，并且由于国有股不能自由地交易和转让，由市场所决定的资产兼并重组就不可能发生。在股市上所进行的企业并购只是在政府部门授意下才可能发生，这就决定了我国的股市难免投机盛行。
(2)上市公司组成结构不合理。主要体现在：①国有企业比重大，非国有企业比重小；②大中型企业比重大，小企业比重小；③国有控股上市公司多，企业整体上市公司少；④传统产业上市公司多，高新技术产业上市公司少。
3、金融产品结构不合理
我国的
传统金融业务产品结构单一。主要金融业务集中于银行，而在银行业务中，主要是传统的零售业务领域，即使在传统的零售业务中，也缺乏为企业提供全方位金融服务的系列产品，金融中介等批发业务严重不足；此外，金融衍生工具发展滞后，使得企业不易规避、分散经营与投资风险，容易形成市场的单边运行，在宏观经济运行和金融调控方向发生变化时可能导致风险积聚。最后是金融创新手段明显不足。在金融业全球化、一体化的发展潮流中，各国金融业已实现电子化、网络化，为在日趋激烈的国际竞争中提高竞争力、拓展生存与发展空间。而中国银行业和证券业虽已基本实现电子化，银行、证券业务网络化也已起步，但与国外发达水平相比还有很大差距，从而抑制了自身的发展。
4、资本市场层次结构不合理
我国资本市场体系结构单一，缺乏层次性。沪、深两个交易所为中心的单一资本市场，缺乏适应市场需求的多层次市场体系。我国目前只有主板市场，虽然推出了中小企业板块，但离真正的二板市场还有相当的距离，三板市场还远未形成气候，资本市场缺乏层次性，不能满足投资者和筹资者多样性投融资要求，产权交易体系尚未完善，资本市场体系发展不完善。
(二)资本市场制度方面的问题
1、体制方面的问题
我国资本市场制度方面的问题主要是体制问题。我国资本市场由于政府和行政机构的介入，行政化色彩较浓，是“计划”的资本市场。一级市场与政府财政收入挂钩，受到行政垄断的影响。而二级市场也普遍存在政府对企业保护的色彩，导致股票市场无法形成优胜劣汰的市场机制。“政策市”的存在，使得股市行情随着政府态度的变化而变化。
2、机制方面的问题
从某种程度上说，体制方面的问题是造成我国资本市场缓慢发展的主要原因。正是由于体制滞后，我国资本市场存在竞争机制失效、约束机制弱化和激励机制不健全等问题，包括：
(1)竞争机制失效
(2)约束机制弱化
(3)激励机制不健全。
3、规则方面的问题
资本市场的正常运行必须遵循市场经济规律，以健全的法律体系为基础。目前，我国尚未真正建立起一套健全的法律体系，缺乏完整有效的市场监管体系和制度化的沟通协调机制。
