新农村建设政策的出台主要是为了解决目前我国农村社会发展过程中的一些突出矛盾和问题，这些矛盾和问题主要表现在以下几个方面：
1.农村发展的体制性障碍依然存在，体制建设任重道远。我国农业农村发展过程中仍存在许多体制性障碍，影响农村经济社会发展的制约因素还很多，城乡二元结构还未根本破除，各种要素在城乡之间合理配置的机制还未完全建立，农村综合改革和其他各项改革的任务仍然相当艰巨。以农村金融体制改革为例，尽管农村金融体制改革已近20年，但当前我国农村金融还普遍存在许多制度性、技术性、操作性问题。具体而言，主要表现为：一是农村金融体系不完善。农村信用社没有发挥应有的支农作用；农业发展银行的业务范围又过窄，而且随着粮食购销体制改革的完成，贷款业务又进一步萎缩；商业银行出于自身经济效益考虑，将部分分支机构从县乡退出；农业的保险制度落后，农业商业保险规模小，险种单一。二是农村资金流失严重。农业银行及一些商业银行的分支机构，在农村吸储能力很强，对农户和农村中小企业的贷款却较少；城市信用社下乡揽储挖走部分资金，转向城市。三是缺乏农村特点的贷款担保制度。在现行信贷政策下，农户和农村中小企业自身不能提供有效的贷款抵押担保，难以得到需要的贷款。在这种情况下，政府势必需要进一步采取措施，通过深化农村金融改革、加强国家的政策扶持和完善农村金融风险规避机制等三方面加大金融支农的力度。
2.农业发展面临诸多挑战，农业生产力总体水平不高。
(1)国家对农业发展的投入严重不足，农业发展缺乏后劲。一是农业基本建设投入不足，其占国家基本建设投入的比重，“六五”时期为5.1%，“七五”为3.3%，“八五”为3%，可见逐年减少。由于基本建设投入不足，我国农业基础设施老化严重，全国约有1/3的水库带病运行，60%的排灌工程急需维修，农业抵御自然灾害能力逐年下降，遭受灾害面积逐年扩大。二是农业科研经费严重不足。我国农业科研经费占农业生产总值的比重不到0. 1 % ，农业技术推广经费比重不到0.2%，远远低于世界平均水平。由于利益的驱使，社会、企业和农户对农业的投入也不多。没有建立国家、企业、农民合作组织的财政、金融、税收、农产品价格补贴等体系和运行机制，农业投入不足已成为我国农业发展缓慢的主要因素。
(2)农业产业结构不合理，结构性矛盾突出。虽然我国目前农业产业结构调整已初见成效，但仍存在一些亟待解决的问题：农业生产品种结构单一，产品结构层次低；农产品加工业滞后，农产品增值困难；农业生产经营方式落后，难以形成规模经营；缺乏科学的区域布局等等。
(3)农业资源短缺和生态环境脆弱，农业综合生产能力难以持续提高。我国人均自然资源少，加上在相当长时期内耕地缩减、淡水短缺、人口增加的趋势不可逆转，部分地区生态环境还在继续恶化，我国农业发展的资源和环境约束日益趋紧，导致粮食安全和生态安全难以保证。
(4)农业服务体系不健全，科技、信息等服务滞后。我国农业服务体系长期以来以推广和服务为主，目前，农业服务体系存在队伍膨胀、机制不活、负担太重、观念滞后、服务能力低、市场组织化程度低和经济效益低等各种问题，很难适应市场农业发展的要求。
(5)农产品流通渠道不畅，农业资源优势难以转化为经济优势。我国目前许多农村地区个体贩运户规模小且不稳定，区域市场发育不全，大宗农副产品难以及时有效地销售出去，远远不能适应农产品的流通要求。
3.基层民主政治建设滞后，农民权益难以得到保障。改革开放以未，伴随社会经济的快速发展，我国农村基层民主政治建设也取得了巨大成就，各种民主形式和实现途径被创新性地探索出来，广大农村居民参与基层民主建设的积极性不断增强，自身的权益也得到了更有效的保障。但是，在新时期新情况下，我国目前农村基层民主政治建设仍存在许多突出的问题，面临很多挑战，主要表现为：
(1)农村基层组织缺乏战斗力、凝聚力和创造性。我国目前一些农村党员干部思想观念陈旧、能力不足，基层组织软弱涣散，缺乏凝聚力、号召力、战斗力，思想僵化、志气退化、组织弱化“三化”倾向比较严重，致使党组织在农村的战斗堡垒作用得不到正常发挥。
(2)村民自治发展存在诸多问题，如村委会直选中的贿选问题，村委会与村党支部的“两张皮”的问题、村民自治中乡政村治异化的问题、村民自治中村规民约的违法问题等等，这些问题的存在极大地阻碍了农村基层民主建设的推进，导致农民民主权利得不到保障。
(3)乡村宗族势力挑战村民自治。农村宗族势力的存在和发展在很大程度上与强制性的国家权力退出农村有关，是农村在适应现代政治的组织资源缺失状态下传统势力的恢复。宗族组织在一定程度上弥补了村落中集体组织的不足。合理利用宗族组织可以大大降低农村社会运行成本，对发展农村生产和村民自治有重要的作用。但是，宗族文化与民主政治毕竟是两种性质截然不同的文化，宗族势力对乡村民主政治的发展具有许多消极影响。宗族势力通过各种方式和手段入侵到农村基层政权，成为农村治理体制的组成部分，从而利用基层政权的力量牟取私利或扰乱农村经济发展和社会秩序。更重要的是，宗族势力很容易被黑恶势力所利用，从而形成以宗派宗族为基础的、对社会具有严重危害的邪恶势力。因此，农村基层民主要发展，必须逐步清除宗族势力。
(4)人口流动使村民自治发展面临新的挑战。一定数量素质较高的村民的存在是村民自治的组织基础，但我国目前农村农民的大量外流，严重地削弱了村民自治的组织基础。大量高素质农民的外流，一方面使村庄中可供民主选举的高素质的村委会成员候选人减少，由此直接导致村委会工作能力的下降；另一方面，留在村里的农民大多是老人、妇女和儿童，他们有很多对行使民主的程序和意义不太懂，从而容易导致民主的程序流于形式，民主决策也很容易异化为少数村干部决策。
4.农村社会事业发展缓慢，城乡发展差距不断拉大。近几年来，党中央、国务院采取一系列政策措施，大力推进农村社会事业发展，使我国农村社会面貌得到了很大改观。但是，农村社会事业发展还面临许多困难和问题，难以满足广大农村居民日益增长的公共服务需要。农村教育基础依然薄弱，中小学师资队伍数量不足、办学条件差、留守学生多等问题十分普遍，普及和巩固义务教育任务相当繁重；农村公共卫生体系建设不健全，基层医疗卫生基础薄弱，农民看病难、看病贵的问题十分突出；农村公共文化资源十分短缺，不少地方文化活动场所和设施破旧残损、年久失修，没有文化活动场所、没有文化活动设施、没有文化活动内容的现象还普遍存在；农村社会福利严重滞后于社会和经济发展水平，存在社会福利机构匿乏、社会福利覆盖面狭窄、地区发展不平衡、各福利项目发展不平衡、缺乏统一的组织管理等诸多问题；农民生育观念与国家政策有很大差距，控制人口过快增长的任务十分艰巨。农村社会事业发展滞后，致使农村居民公平享有经济社会发展成果的权利难以保证，极大地抑制了农民消费水平和发展能力的提高，已成为制约经济社会协调发展的重大障碍。
5.农村环境问题非常突出，生态环境治理任务艰巨。我国目前农村环境问题日趋严重，农村居民的生产、生活安全受到了很大威胁。这些问题突出地表现为：
(1)生态环境破坏严重。由于受自然和人为两方面因素的影响，农村当地局部生态平衡遭破坏，进而在整体区域范围内造成生态功能失调，生态调节作用减小，各类自然灾害频发。
(2)农业污染加剧。在农业生产过程中，由于不合理使用农药、化肥、地膜等化学投入，造成严重的地面污染，不仅导致农作物减产、农产品品质下降，而且对土壤、水、生物、大气和人体健康造成严重危害。同时，规模化畜禽养殖业的废弃物对农村环境的污染也越来越严重，极大地影响农村居民的日常生活。
(3)居民生活污染严重。随着农村居民生活水平的提高和生活方式的转变，农村生活污染由分散走向集中，各种问题日渐严重。主要表现在：农村生活垃圾数量增多，而且几乎全部露天堆放，没有进行有效处理；生活污水任意排放，致使河流、湖泊污染严重；生活取暖排放的大气污染物没有经过处理就直接排放，对当地空气环境造成一定程度的污染。
(4)工业污染增多。我国农村工业污染主要来源于两个方面：一是乡镇企业污染。我国乡镇企业数量众多，而且大部分设备简陋、技术落后、能源消耗高、缺少防治污染的设施，致使由乡镇企业发展带来的污染问题十分突出，加重了农村环境的压力；二是城市向农村转嫁的污染。由于城市产业结构调整，一些耗能高、污染重、难以治理的企业迁移到农村，造成城市污染向农村转移；同时，城市“三废”直接转移到农村，由此给城市周边区域的环境带来严重污染。
