（1）饲养方式落后 我国的肉鸭养殖业主要采用低投入、开放式大棚生产模式。农村家庭庭院大棚分散饲养占全国总饲养量的90%，基础设施和设备非常简陋，饲养环境差，养殖技术落后。庭院式饲养以地面平养为主，部分养殖户采用网上平养，鸭病交叉感染十分严重。因此，改进肉鸭饲养方式可全面改善肉鸭的生活生长环境，降低发病率，提高健康水平和安全性，促进产业的全面升级。
（2）鸭疾病防疫不规范 近年来，禽流感、小鸭肝炎、鸭浆膜炎、大肠杆菌等疾病已经给我国的养鸭业造成了较大经济损失。疾病危害肉鸭健康，降低肉鸭的生产性能和养殖业的经济效益。养殖户为了防治肉鸭疫病，滥用兽药，使肉鸭产品的卫生、安全不能得到保障，给食品安全性带来隐患，危害人类健康。因此，应坚持以预防为主，防重于治的原则，定期消毒，加强免疫。对鸭舍及其周围环境、水池和运动场应定期进行消毒。消毒剂要经常更换，防止产生抗药性。免疫接种是预防肉鸭发生疫病的重要技术措施，应根据各地疫病流行特点，制定免疫程序，严格按照免疫程序接种疫苗，预防疾病发生。
（3）饲料品质差 饲料成本占养殖生产总成本的65%以上，是肉鸭养殖能否取得经济效益的关键。然而，由于我国尚未建立肉鸭的营养需要量标准，许多饲料企业配制饲料依据自己的经验，造成肉鸭饲料不稳定，品质往往较差，给养殖场造成损失。因此，为肉鸭生长提供营养丰富、平衡的配合饲料是发展肉鸭业的重要保证。
（4）环境污染严重 肉鸭养殖企业或农户的环境保护意识不强，将粪污任意堆放在鸭场周围、公路边、村边或直排河道，造成水体污染、环境恶化。
（5）鸭产品加工工艺落后 虽然我国鸭产品丰富多样，但大部分是以传统手工作坊式加工生产。由于加工手段和工艺落后，生产的产品档次低，不能完全适应现代消费需求和出口需要。
