首先，在剧作的内容上，因为南戏作者的创作目的就是为了娱人，为了吸引观众，所以，南戏作品往往叙事性强，抒情性弱，而且南戏作者在剧中所表达的“情”，也不是作者个人的“情”，而是下层民众所共有的“情”。作家个人的主体意识在剧中表达得不强烈，在剧作的主要人物身上，很难看出作者本人的影子。而北剧作家，对他们来说，编写剧本既是娱乐人，也是自娱，因而北杂剧的故事情节相对比较简单，剧本的抒情多于叙事，剧中的人物形象一般也比较单薄，同时剧本中作家的主体意识也比较强烈，在剧中人物身上．我们常常可以看到作者本人的认识与感慨。
其次，在语言上，南戏的曲文多口语俗语，俚俗无文采。而北剧的语言则表现出较高的文学性，以至王国维要赞叹“元剧最佳之处，不在其思想结构，而在其文章”。
再次，在表演方法上，南戏流行于东南沿海，剧本由若干“出”组成，“出”数不作规定；曲词的宫调也没有规定；南戏角色分为生、旦、净、末、丑等各类，均可歌唱；歌唱形式多种多样，既有独唱，又可对唱、合唱、轮唱，不似杂剧只能由一人独唱到底。杂剧一般由四折组成一个剧本，每折相当于今天的一幕；演剧脚色可分末、旦、净三类；在音乐上，一折只采用一个宫调，不相重复，而全剧只能由正末或正旦一人主唱，正末主唱的称“末本”，正旦主唱的称“旦本”。
最后，南北剧作者在身份上的差异，也带来了曲律上的差异。南戏用南方方音演唱，分平上去入四声，不像北曲的入派平上去三声，用韵上也较为宽松，体制上与北曲杂剧有所不同。南戏作者因为文学与艺术修养的限制，对宫调、平仄四声、韵律等没有专门的研究，其所用曲调为“宋人词益以里巷歌谣”，其中多为顺口可歌的民间歌谣，它所用的词调一般也是在民间流传，未经文人改造律化过的，因此南戏没有严格的曲律。而北剧作家熟悉声律韵律，在撰写剧本时重视曲律，在官调、用韵方面均有其规范。
杂剧与南戏产生、流行于不同的方言区，加上区域生活习俗等文化上的差异，从而形成两大音乐系统。王骥德说：“南北二曲，譬如同一师承，而顿渐分教；俱为国臣，而文武异科。”
