首先是制曲
使米曲霉在曲料上充分生长发育，并大量产生和积蓄所需要的酶，如蛋白酶、肽酶、淀粉酶、谷氨酰胺酶、果胶酶、纤维素酶、半纤维素酶等。在发酵过程中味的形成是利用这些酶的作用。如蛋白酶及肽酶将蛋白质水解为氨基酸，产生鲜味；谷氨酰胺酶把万分中无味的谷氨酰胺变成具有鲜味的俗谷氨酸；淀粉酶将淀份水解成糖，产生甜味；果胶酶、纤维素酶和半纤维素酶等能将细胞壁完全破裂，使蛋白酶和淀粉酶水解等更彻底。
同时，在制曲及发酵过程中，从空气中落入的酵母和细菌也进行繁殖并分泌多种酶。也可添加纯粹培养的乳酸菌和酵母菌。由乳酸菌产生适量乳酸，由酵母菌发酵生产乙醇，以及由原料成分、曲霉的代谢产物等所生产的醇、酸、醛、酯、酚、缩醛和呋喃酮等多种成分，虽多属微量，但却能构成酱油复杂的香气。
其次是主料发酵
制成的酱曲移入发酵池或发酵罐，再加盐水发酵。发酵是一个生物转化过程,通过温度和时间,让米曲霉分泌多种酶,其中是蛋白酶和淀粉酶、蛋白酶分解蛋白质为氨基酸,淀粉酶把淀粉分解成葡萄糖。
由于发酵过程中,从空气中落入酵母菌和细菌也进行繁殖,也分泌多种酶酵母菌发酵成酒精,由乳酸菌发酵成乳酸。发酵过程中温度与酶活力有一定关系,温度上升,酶活力增加,温度下降,酶活力减少,反应速度也随温度高低而变化,南方夏天温度比冬天高,夏天和秋天发酵2~3个月,而冬天和春天需要3~4个月。要增加酱油色泽,采取增加原料配比中麸皮用量,提高发酵温度及延长发酵时间等措施。
