1.二者依据的法律法规不同，实施的程序也有所不同。国有土地上房屋征收依据的法规是国务院590号令，集体土地征地拆迁依据法律《土地管理法》及各地政府依据该法制定的《征地拆迁实施办法》。
2.征收的目的不尽相同。国有土地上房屋征收主要是公共利益需要而征收；而集体土地上征地拆迁除公共利益需要外，还可能是集体利益需要，或经济发展重新规划布局而征地拆迁等。
3.评估补偿方式不同。国有土地房屋按类似于当地房地产市场价格评估补偿；集体土地房屋按重置价格结合成新评估，集体土地对个人不补偿，但可重新划拔宅基建房，也可由村集体统一建房安置，对征地拆迁的失地农民，政府还会考虑生计问题合理安置。
