一、审计目标区别
财政财务收支审计的目标在于监督财政财务收支的真实、合法和有效；领导干部任期经济责任审计的目标在于“加强对党政领导干部的管理和监督，正确评价领导干部任期经济责任，促进领导干部勤政廉政，全面履行职责”。 这是一个很大的区别，财政财务收支审计对的是“事”，要通过审计把“事”做得更好，而领导干部任期经济责任审计对的是“人”，要通过审计
管理好“人”、使用好“人”，通过管理好“人”、 使用好“人”，来把“事”做得更好，这是一个非常大的区别。
二、审计依据区别
国家审计机关开展财政财务收支审计的依据是《审计法》及《审计法实施条例》，是法定的审计任务；开展领导干部任期经济责任审计，依据的是《审计法》、《审计法实施条例》和中共中央办公厅、国务院办公厅制定的《县级以下党政领导干部任期经济责任审计暂行规定》、《国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行办法》，是党中央根据我国当前政治经济生活的需要，赋予审计机关的一项新的任务，体现了党和国家对审计机关的信任和我国审计的特色。
对审计结果的评价和处理依据也有区别。财政财务收支审计结果的评价和处理依据是《审计法》和有关财经法规；领导干部任期经济责任审计结果的评价和处理依据是《审计法》和有关财经法规，以及中共中央、国务院制定《暂行规定》和《暂行办法》。
三、审计程序区别
财政财务收支审计由审计机关自主选定审计对象、确定审计计划，然后依之进行。领导干部任期经济责任审计则由组织部门确定审计对象、审计期间、审计工作时间，另有一些事项由领导干部任期经济责任审计协调机构研究决定；审计结果也需与组织部门协调后，再进入审计处理程序。领导干部任期经济责任审计是审计机关与政府有关部门合作开展的审计工作，在审计程序上也充分表现出合作性。
四、审计范围区别
《审计法》规定，“国家审计机关根据被审计单位的财政、财务隶属关系或者国有资产监督管理关系，确定审计管辖范围”，国家审计机关开展财政财务收支审计必须严格遵守这一规定，在《审计法》规定的审计范围内进行审计。对于超出审计范围的延伸审计对象自身存在的问题，一般也不应影响对审计对象的评价。领导干部任期经济责任审计的范围比财政财务收支审计的范围扩大了许多，凡属于被审计的领导干部行政职责管理范围内的，都在审计范围内，这个范围与《审计法》规定的审计范围有可能发生冲突，有突破，比如对集体所有制单位、民营企业的审计。在这个大范围内，审计到的一切问题，都将影响对领导干部个人经济责任的评价。
五、审计内容区别
财政财务收支审计的内容主要针对被审计单位的财政财务收支活动，包括资产、负债、损益，执行预算规定，执行“收支两条线”的规定等，一切都围绕被审计单位的财政财务收支
活动这条主线展开；领导干部任期经济责任审计的内容没有统一规定，按目前比较集中的意见，应当在财政财务收支审计的基础上，把以下一些内容包括进来：一任期内行政区域的经济
发展情况；二任期内重大经济决策的科学性与有效性；三重大投资决策情况及其经济效益与社会效益评价；四任期内政府形成的负债情况；五任期内所辖区域居民生活水平与社会福利情况；六廉政情况。由此引伸对财务活动之外的政策、文件、报告等资料的审计工作量增加。
六、审计方法区别
财政财务收支审计中，常规审计方法应用较多；领导干部任期经济责任审计除常规审计方法外，应用询问、谈话、统计、比较等工作方法的比重加大。
七、审计评价区别
首先是评价对象区别，财政财务收支审计的评价对象是被审计单位的经济活动，领导干部任期经济责任审计的评价对象是领导干部个人及管理单位的经济活动。其次是评价原则的区别，财政财务收支审计不要求作责任评价，领导干部任期经济责任审计要求作责任评价。第三是评价标准的区别，财政财务收支审计有统一的评价标准，领导干部任期经济责任审计没有现成的评价标准。第四，财政财务收支审计的评价更客观，领导干部任期经济责任审计的评价则可能会带有审计人员的主观色彩。
八、审计处理区别
财政财务收支审计查出的违反财政法规的行为，依据财经法规予以处理处罚；领导干部任期经济责任审计对《审计法》规定审计范围内事项同样依据有关财经法规进行处理处罚，但对领导干部个人的责任和超出财政财务收支审计的违规行为，审计机关则只评价，不处理。
