扁平化组织结构本身的特征以及嬗变过程，本质上要求其必须对传统工业企业的组织模式进行变革。适应内外部环境剧烈变化而出现的扁平化趋势，不仅使金字塔型的传统组织模式正在失去效力，而且，使企业与企业之间的组织模式也在发生变化。贯穿于内、外组织变革过程的，是扁平化组织特有的知识共享和部门、组织间的协作。
知识团队构成了扁平化组织内部组织的基础。美国著名管理学家德鲁克指出，“由于现代企业组织由知识化专家组成，因此企业应该是由平等的人、同事们形成的组织。知识没有高低之分，每一个人的业绩都是由他对组织的贡献而不是由其地位高低来决定的。因此现代企业不应该是由老板和下属组成的，必须是由平等的团队组成的。”扁平化组织本质上可被视为是一知识体系，其竞争优势的建立主要在于如何通过在一个精益的组织内，对组织所拥有的知识、信息进行整合、创造和管理，从而更直接地面向市场、面向用户。为了支持这种知识、信息的整合、创造和管理，扁平化组织内部不是以职能为单位，而是形成一个个动态的知识团队，这种团队将个体和组织结合起来，促进用户知识的显性化和实体化，最终形成完整、统一的市场知识和转化机制。根本上讲，扁平化组织的运作核心就是通过这种知识团队的自我管理，不断释放整体知识能量，进而实现企业价值创造空间的创新和拓展。
知识团队
团队之所以能成为扁平化组织构造的基础，其实是同扁平化组织基本特征相关的，在扁平化组织中，人力资源成为组织的第一资源，而人力资源的本质就是凝聚在人身上的知识、信息、技能等。扁平化组织对人力资源的高要求，使得知识员工成为企业知识(特别是市场知识和用户知识)的主要载体，决策中心下移导致的组织分权化和扁平化，共同促进了团队代替科层。
团队专家化
知识团队运作的目标追求知识、信息的共享、转化和创新，为了达到这种目标真正依靠的只有是自我管理的知识专家。这种专家化要求知识团队成员知识的互补性，因为，团队项目任务的完成需要不同的专门知识，例如一个战略咨询项目需要营销、生产、人力资源等相关领域的知识，知识团队成员都应该有自己专长的领域，团队任务的完成需要这些不同领域的专家协作，协作过程同时也是互相学习的过程和知识的共享、转化和传新过程，通过不同领域的专家进行面对面的工作交流，交叉知识的产生其实就是知识的创新。因此，知识团队成员角色的专家化是团队知识链能力放大机制的前提和基础。
设定团队目标
作为扁平化组织特定的知识链主体，知识团队必须拥有自己的知识目标。同时，作为组织的一个基本单位，团队的知识目标必须符合扁平化组织的总体知识发展的要求，或者说团队知识链的效率体现必须要满足组织整体的知识演化目标。因此，设定团队目标，既是团队的共同愿景，有利于团队本身知识的稳固和创新，更为重要的是，能够实现与组织知识链的有效整合，获得知识的协同效应。
建立支持结构
知识团队作为扁平化组织内部的组织基础，必然涉及与企业整体的接口。在设定团队目标时，要求团队目标同企业目标保持一致，但在执行过程当中，存在许多不可控因素，为了进行协调以最大程度发挥团队的知识能量，完善团队的外在组织支持结构将非常重要。扁平化组织的团队模式是以知识链团队为工作核心，同时有高层知识团队进行协调，专家系统进行必要的支持。 知识不仅在内部具有分布性(导致决策中心下移)，同时，知识还分布在企业外部，扁平化组织并非知识孤岛。为了更好服务于市场，其运行过程中必须吸收供应商、客户、竞争者和其他外部组织的知识，而扁平化组织的竞争优势也正在于与其利益相关者之间的密切联系上。
知识合作机制
扁平化组织具有知识链构造的特点，知识团队就可视为一条知识链，团队对内外部知识选择、吸收、记忆、转化、创新和产出，形成一条无限循环知识流动的链条。知识链不仅存在于企业内部团队层次上，也存在于组织层次上，存在于组织和社会群体之间。扁平化组织同外部组织的知识链交流其实是通过知识联盟实现的。知识联盟还表示不同的扁平化组织之间的关系，企业是一条知识链，一个企业可以参与多条知识链，因而不同知识链之间存在交叉，当一个企业和其他的企业建立一种知识创新联合体时，一个知识联盟就形成了。
知识联盟的中心目标就是学习和创造知识，特别强调通过联盟从其他组织学习和吸收知识，或者同其他组织合作创造知识，从而对市场、用户的需求满足不仅仅局限在企业本身、企业知识范围内。知识联盟的建立主要是基于组织资源、知识和能力的互补性，即联盟一方具有另一方不具备的资源、知识和能力，以实现联盟伙伴共同受益，共同服务于同一市场、同一用户，满足它们的要求。因此，知识联盟既密切了其成员组织之间的关系，有助于组织之间相互学习彼此的知识和能力，也有助于组织之间的知识结合，从而创造出新的交叉知识，更有益于市场目标、用户需要的实现。此外，知识联盟可以有效地实现联盟伙伴之间的隐性知识的转移。如果联盟伙伴之间只简单地传递显性知识，那就不需要知识联盟，而只需买本书或一套公式或参观了解就可以了。所以知识联盟的重点是学习和吸收对方的隐性知识，其关系就像师徒关系，允许联盟伙伴之间的各层次人员进行面对面的交互式学习和交流，通过“干中学”和“教中学”，实现大量隐性知识的交流和渗透，达到所需知识的有效转移。更为重要的是，知识联盟中组织的“异质性”避免了组织与文化的内部一体化所造成了思维的“路径依赖性”，甚至组织间知识相互激活的可能性远远高于一体化组织内知识相互激活的可能性。联盟成员拥有知识的多样性和异质性更容易导致思维的碰撞，产生崭新的交叉知识。
知识联盟的管理
第一，建立互动学习的模式，有效促进隐性知识的转换。互动学习是指两个企业或多个企业结对或聚群学习。在互动学习中，“学生”企业可充分接近“老师”企业，不仅可以学到“老师”企业中的显性知识，更重要的，还可以学到“老师”企业的隐性知识，如“怎样做”和“为什么这样做”方面的知识和技能。通过知识联盟，建立了互动学习的模式，加强了师生间面对面的互动交流与切磋，通过“干中学”和“干中教”，实现了隐性知识的有效转移。通过观察和模仿“老师”如何做，学会了做事技巧和那些连“老师”本人也不十分清楚的知识，而这些隐性知识仅在一个人面对面模仿另一个人时才能学到。
第二，加强有关知识的学习和积累，不断提高吸收能力。知识联盟的核心是企业通过学习知识来培养自身的核心能力。因此，企业的吸收能力的大小，直接关系到企业能否形成核心能力。企业之间的学习效果取决于“学习”企业三方面的能力：认识和评价外部新知识的能力、消化吸收新知识的能力和利用新知识进行创新应用的能力。要提高认识和评价外部知识的能力，关键是自己要具备一定数量的、与外部新知识相关的基础知识。因此，企业在寻找知识联盟时，必须加强自身有关知识的学习和积累，不断提高自身的知识存量和改善知识结构。要提高消化吸收外部新知识的能力，实质上是提高企业内化外部知识的能力。企业要在这个内化过程中建立起相应的知识处理系统，以实现外部知识的高效转化，将内化为企业的知识根植于已建立的知识系统中，形成企业特有的知识——企业核心能力的基础，从而捉高企业内化外部知识的能力。要提高知识的应用创新能力，必须依赖企业本身的整合能力，而整合能力来源于企业解决自身问题实践中的不断“试错”。企业要鼓励个人、团队不断实践，敢于“试错”，以积累各种经验。
第三，选择合适的知识联盟的方式，保证联盟的时效性。知识联盟的目的是学习隐性知识，而隐性知识的学习需要一定的时间，这样才能产生潜移默化的效果，短时间内不可能实现隐性知识的有效转移。因此，如何选择有效的方式来保证联盟的时效性就成为问题的关键。企业应根据自己的现状、企业与联盟组织之间的关系和经历等因素来综合选择。
第四，加强人力资源配置。由于核心能力实质是“组织中的积累性学识”，而学识的载体是人，核心能力只有通过组织中人的学习才能获得，因此对知识联盟的管理重点在于对联盟的人力资源管理，建立一支支持组织学习过程的人力资源系统。
