区别一、供应对象不同。保障性住房的主要对象是城市中低收入家庭或者住房困难户；而商品房购买的对象是所有自然人。
区别二、两者建设方式不同。保障性住房直接是由政府组织建设；而商品房则完全是按市场运作方式建设。
区别三、土地取得方式不同。保障性住房的土地性质为政府划拨才能建造；而商品房的土地则是通过招拍挂的形式取得的土地使用权。
区别四、两者享受的政策不同。保障性住房在建设和销售过程中，政府可以适当的减免部分费用；而商品房在买卖过程中则需要全额缴纳所有的费用。
区别五、定价方式不同。保障性住房的房价主要是由政府定价然后再出售；而商品房的价格主要则由市场具体的情况而决定。而且一般商品房的价格要高于保障性住房的价格，这也是两者最大的区别之一。
区别六、买卖要求不同。商品房在办理了《房屋所有权证》以后可抵押可转让。而保障性住房尽管可以办理《房屋所有权证》也可以抵押，但在转让时，必须在补缴相关费用后，方可转让。
参考资料来源：百度百科-保障性住房
