主要区别：
1、来源不同：商品房由开发商筹建，保障性住房由政府组织建设。
2、购买条件不同：商品房只要有足够的资金就可以买；但保障性住房必须达到一定条件、要当地政府部门审核批准才能购买或租用。
3、产权性质不同：商品房的购买人有完全产权，可以自由处分；但保障性住房中的廉租房只能居住只有使用权，不能处分；经适房是不完全产权，5年内不得买卖。5年内确需出卖的，由政府回购。5年后可以出卖，但需要上交一定比例给政府。
保障性住房是指政府为中低收入住房困难家庭所提供的限定标准、限定价格或租金的住房，一般由廉租住房、经济适用住房、政策性租赁住房、定向安置房等构成。这种类型的住房有别于完全由市场形成价格的商品房。
保障性住房有房产证，但不能自由买卖，不同类型的保障性住房限制不同。
