1、首先，从植物的科属来区分。
可可 原产美洲热带的常绿乔木，梧桐科。
咖啡：咖啡为茜草科多年生常绿灌木或小乔木。
2、应用上区分。
咖啡是一种园艺性多年生的经济作物，成熟的咖啡浆果外型像樱桃，呈鲜红色，果肉甜甜的，内含一对种子，也就是 咖啡豆（Coffee Beans）。 咖啡豆经过去果肉、水洗、烘焙等程序后，即变成我们现在看到的咖啡豆，将咖啡豆磨成粉用不同的器具萃取出咖啡，这样出来才是我们说的咖啡coffee，与茶叶、可可并称为世界三大饮料 。
可可豆是可可树的果实，可做饮料和巧克力糖，营养丰富，味醇且香。可以将可可豆做成饮料，更用以作为交易媒介。16世纪可可豆传入欧洲，精制成可可粉及巧克力；更提炼出可可脂(cocoa butter)。现在应用最广的当属巧克力和可可粉了。
3、从香气和口感上区分。
咖啡豆烘焙后会呈现出各种不同的味道花香、水果香、坚果香以及各类香气，甚至还有一些味道是臭的！所以需要调整烘焙度来呈现好的香气，掩盖那些臭臭的味道。另外咖啡喝起来的苦甘酸感均要强于可可，这也是为什么咖啡比可可更火的原因。
4、从成品上来看
咖啡和可可都可以独立作为市场流通环节中的商品，不过一旦要形成搭配时，都是可可为辅料了。所以可以看出，咖啡在市场中的价值要高于可可（个人观点）
