遗失增值税发票必须马上汇报给当地税局或国税局，即使是已作废的发票。
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条规定，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
一、遗失非电子发票的处理
(一)使用发票的单位和个人遗失发票，应于发票遗失当日或次日(节假日顺延)书面报告主管税务机关，并在新闻媒体上公告声明作废。
(二)使用发票的单位和个人遗失在税务机关开具的发票时，可凭该发票的完税凭证向税务机关申请重新开具。收款方未将发票联交给付款方的，应由付款方在书面申请上认可并加盖单位印章(个人应签名)。
税务机关经审核后，在重新开具发票时应在备注栏或空白地方填写遗失发票的取得单位、发票种类代码和号码、金额以及遗失发票对应的完税凭证号码，不再补税。付款方应根据重新开具发票的发票联和附上遗失发票的存根联复印件(加盖税务机关印章)作为合法入帐凭证。
(三)开具发票一方遗失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入帐。重新开具发票时，应在备注栏填写遗失发票的客户名称、发票种类代码和号码、金额，开票单位。开具发票方记帐时附上遗失发票的其他联次作为合法入帐凭证;遗失的发票只有发票联的，记帐时应附上取得发票方出具的书面证明，内容包括取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小金额、发票种类代码和号码等作为合法入帐凭证。
(四)取得发票一方遗失已填开的发票联，按粤地税函[2008]473号文的要求操作：“取得发票的一方丢失已填开的发票联，可向开具发票方申请出具曾于X年X月X日开具XX发票，说明取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小写金额、发票字轨、发票编码、发票号码等的书面证明，或要求开具发票方提供所丢失发票的存根联或记账联复印件，经主管税务机关审核后作为合法凭证入账，一律不得要求开票方重复开具发票”。其中，“主管税务机关”是指开具发票方的主管税务机关。
二、遗失电子发票的处理
纳税人遗失网络开具的发票，应报告税务机关，并办理挂失手续。发票未交取票方的，将遗失的发票作废或冲销后重开;发票已交取票方的，可由开票方在发票在线系统查询打印该发票信息，加盖发票专用章后交取票方作为入账凭证，不得重开发票。
三、遗失发票的登报声明作废程序：
1.遗失者书面报告主管地税务机关，并填写《遗失声明作废刊出登记表》;
2.遗失者将经地方税务机关验核审批同意并盖章的《遗失声明作废刊出登记表》送到有关报社办理手续。
3.业户遗失地方税务登记证件、发票等，办理遗失声明的，必须在具有全国报刊号的报纸上刊登。
四、对遗失者主管地方税务机关将按《中华人民共和国发票管理办法》及《中华人民共和国税收征管法》的有关规定给予处罚
