首先，先更正一下：现在的增值税专用发票的认证期限是180天。
如果销售方没有收回全部联次就作废了发票，税务机关查到后会以“未按规定开具发票”进行罚款，如果税务机关认为因此少缴税款，会判定是偷税，追缴税款及滞纳金并加处罚款。
我认为最符合现行税收法律的做法是：
1、销售方到主管税务机关申请《增值税一般纳税人丢失专用发票已抄报税证明单》，把证明单和存根（记账）联复印件（加盖财务章）一起给你
2、你企业凭证明单和存根（记账）联复印件到主管税务机关申请认证并入账
3、你企业向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》并提供主管税务机关要求提供的资料。主管税务机关审核无误的，当场出具《开具红字增值税专用发票通知单》一式两联给你企业。
4、你企业收到《通知单》一联交销售方开销项负数的增值税专用发票，一联留存。
你企业应暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。
