时值满桂赵率教交恶，袁崇焕五月上疏请调满桂，王之臣以为不妥，以满桂勇猛调其任为山海关总兵，袁崇焕认为不可，逐经抚不和。经过朝廷调停，袁崇焕和王之臣分权，袁崇焕主关外，王之臣主关内。袁崇焕认错，并复请满桂调任山海关。（《两朝从信录》）
袁崇焕遣使者吊唁努尔哈赤。后金皇太极趁机遣使回复，谋求议和。袁崇焕奏报朝廷主以和缓之建锦州大小凌河诸城。辽东经略王之臣主张派遣使者非计，应回绝和议。王之臣奏疏：“年来奴酋求和于西虏（蒙古），而西虏不从；屈服于朝鲜，而朝鲜不受。一旦议和，彼必离心，是益敌以自孤也！近日，都官过通令处，虏鞭其背云：‘汝汉人全无脑子…… 喇嘛替他吊孝求和，反倒教别人与他为仇，我等不如也投顺罢了’”。（《两朝从信录》）。御史智铤言，督抚意见各异，恐误边事（《国榷》）。天启七年（1627年）正月，召回王之臣，关内关外之事尽付袁崇焕便宜行事（《三朝辽事史录》）。
天启七年（1627年）正月初八，皇太极一面遣使与袁崇焕议和，一面派阿敏出军征朝。关于阿敏征朝兵力，《朝鲜李朝实录》作三万，《三朝辽事实录》作八万，《八旗通志》无兵力数字记载。朝鲜作为亲身参战方，没有必要缩小遇敌人数，故阿敏征朝兵力目前史学界都是以三万这个数字为准。出军后金军渡过鸭绿江，进攻朝鲜，史称“丁卯之役”。（《东华全录》），十四日，克义州，分兵攻打毛文龙东江铁山部。毛文龙遁入云从岛（《三朝辽事实录》）。
朝鲜和毛文龙告急，朝廷命袁崇焕发兵援助，并拣轻兵捣巢，袁崇焕上疏无虚可捣。疏言“顷闻奴兵十万掠鲜，十万居守，何所见而妄揣夷穴之虚乎？我纵倾伍捣之，无论悬军不能深入，即深入奚损于逸待之夷？而虎酋新并粆花，意殊区测，都令、塞令新通于奴而仇于我，万一我兵正道以东，奴暗以轻骑北出而袭我关宁，此时救人耶，抑自救耶？”此时后金总兵力约有七八万，前一年宁远大战努尔哈赤的发兵数就有五六万，因此皇太极留守沈阳的兵力至少还有四五万之多。虽然比起全族兵力驻防，此时沈阳的防务当然是略为薄弱了一些。可是袁崇焕此时身为辽东巡抚，所辖仅有宁锦七万兵，即使倾巢而出取沈阳，也无胜算。更何况朝鲜的战事在正月二十六日阿敏攻克平壤后就已经基本结束，之后阿敏部队留驻朝鲜只是为了威吓朝鲜以便在定盟时多捞些好处罢了。袁崇焕接到朝鲜命令出兵的时候就已经是三月，此时出兵对朝鲜战事已经无济于事，而且随时存在被阿敏部队回师前后夹击的危险。事实上，如果朝廷真的下定决心，从蓟镇和山海关调集大军集结到锦州，并协同蒙古察哈尔部一起兵发沈阳的话，对于近半数军队在外的后金来说，还是存在一定威胁的。但由于毛文龙虚报敌情，谎报征朝军有八万之众；又为了尽快减除自己的危机，谎报沈阳留守兵力不到一万（到四月更谎报皇太极将留守兵力还派出部分增援朝鲜），让朝廷误判敌情，以为仅宁锦的兵力就足够犁庭捣穴，根本没有给袁崇焕配备能够威胁后金的军力。而且，即使三月份袁崇焕在接到朝廷旨意后立即全军出击沈阳，朝鲜和东江也早就在一个月前被打垮了，根本于事无补，唯一可能的结果是，袁崇焕的军队由于毛文龙的谎报久攻沈阳不下，以致于被回师的阿敏前后夹击。
天启七年四月，也是“丁卯之役”战况正激之时，蓟辽总督阎鸣泰上奏折，称颂魏忠贤的功德，并要求在宁远、前屯两地为魏忠贤修建生祠，作为下属的袁崇焕也只得联名上奏。《大明熹宗实录》记载“蓟辽总督阎鸣泰巡抚袁崇焕疏送魏忠贤生祠”。
